康熙三年（1664）三月，郑经在接连战败后，众心离散，镇营多叛，诸军乏粮，铜山再难坚守，于是，他与陈永华、冯锡范等率余众，退归台湾。郑经命周全斌断后。周全斌与兵官洪旭不睦，想借此时机偷袭，兼并其部。洪旭则预有防范。周全斌虑入台后，恐为其加害，乃率部自漳浦投清，封承恩伯。郑经的另一战将黄廷也于云霄降清，封慕义伯。工官冯澄世另乘一船随向台湾，途中为其家丁所迫，投海而死。郑经余众士气沮丧。郑经抵达台湾后，鼓励诸镇将士开垦荒田，栽种五谷，储备粮草，发展糖业，支持贸易。此后，农业丰收，兵民相安。同时，他还推广大陆的先进技术，伐木斩竹，烧瓦盖房；严禁赌博，与民休息，修筑丘埕，引海水晒盐，民得其益。并接受陈永华的建议，择地建造圣庙，设立学校，广收人才。是时，台湾在农业、教育等方面取得了进展。

康熙三年（1664）二月，清政府以武昌、汉阳、黄州、安陆、德安、荆州、襄阳、郧阳八府归湖广巡抚管辖。以长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州七府，郴、靖二州归偏沅巡抚管辖。是月，添设湖广按察使司按察使、驻扎长沙府。三月十九日，命湖广右布政，移驻长沙，管辖长沙、宝庆、衡州、永州、辰州、常德、岳州等七府及郴、靖二州。四月，由于明确了管辖范围，偏沅巡抚周召南疏报，岳州、长沙、宝庆、永州等十二府州共开垦土地一千二百一十二顷三十六亩。湖广巡抚刘兆麟疏报，安陆、荆州等十府州陆续垦田一千八百零七顷四十五亩。清初垦田的迅速发展，与划分辖地直接相关。

康熙三年（1664），水西、陇纳、上下木咱等地的苗民愤起抗清。他们在首领安坤、安如鼎的率领下同清军展开了多次激战，云南总兵刘称被斩。平西王吴三桂调集云南、贵州及广西三省兵会剿。自二月以来，擒杀陇纳等地苗民一千余名、安坤、安如鼎仅以身免。

康熙三年（1664），原明末大顺农民起义军，只有李来亨率部众坚守茅麓山，奋力抗清。是年，清军集结二十万人，三路进兵。大败后，将满汉三省兵“分汛连营，树立木城，挑堑排桩，密匝围之。”同年六月和闰六月，李来亨两次亲自率将士出击，力图冲破清军的封锁，但由于双方实力悬殊，李来亨又孤军作战，更无援军，未能取胜。当双方相持到九月时，农民军粮食用尽，清军重重围困。李来亨自知不能久存，但他镇静自若，大义凛然，在会集了众将、安排好农民军的撤离等事后，当月二十四日，举火焚烧了山寨，并和妻子、亲随等人投火自焚，宁死不屈。李来亨部的三万余名战士，被俘者仅一百五十人。

福建总督李率泰于康熙三年（1664）三月闻郑经退归台湾，即于当月移师铜山，下令沿海与各岛屿的居民，全部迁入内地。逢山之处，开凿宽、深各二丈之余的大沟，名曰“界沟”。修筑高一丈、厚四尺有余的高墙，名曰“界墙”。又于登高处建造炮台，二、三十里设大营盘，分兵把守。福建、浙江等沿海设省皆如此。当时，如有人想从这些地方处出入，必先行贿于守界牟兵，否则，稍有怨言则拖出杀死。此令实施后，沿海居民离乡背井，家破人亡，无以为生。康熙四年六月，李率泰又签署告示，禁止居住在福建的荷兰人与中国人之间的一切贸易。康熙五年（1666）二月，李率泰病故。他在遗疏中提出：荷兰夹板船虽已回国，但仍往来频繁，他日恐生事端；迁海之民尽失旧业，应将界限略做放宽，使他们有耕渔之获，从而改变其流离失所的惨状。

康熙四年（1665）六月，清政府决定：湖广、四川、福建、浙江仍各留总督一员外，贵州总督裁并云南，广西总督裁并广东，山西总督裁并江西，江西总督裁并陕西，直隶、山东、河南设一名总督，管三省事。裁撤凤阳、宁夏、南赣巡抚。同月下旬，又明确了各省总督驻地，广东广西总督驻肇庆府、江南江西总督驻江宁府、直隶山东河南总督驻大名府、山西陕西总督驻西安府。康熙五年，批准平西王吴三桂议，云贵总督驻贵阳府。在裁并督抚后，清政府对直隶、山东、河南、山西、江西五省提督的驻地也做了相应的更改。贵州提督驻地由吴三桂确议。

康熙四年（1665）五月，四川总督李国英疏言，全川已经恢复，当因地设防，酌议增减。其中，应裁减兵额者，督标抚剿五营兵五千名、慕义候谭弘兵三千名、龙安城守兵五百名等等。应设职增兵者，潼川、绵州、叠溪、建武、重庆等二十二处。此外，广元、成都、松潘卫等十二处武职设置照旧。全省经制官兵共计四万五千名，以“马二步八”，战守各半定额为宜。清政府准其所请。

康熙四年（1665）三月初二日，北京在“一阵地动”之后，京师宫殿和全城都在震颤之中，城内房屋倒塌者不计其数，就连坚实的城墙也有百处左右塌陷。与此同时，狂风骤起，横扫全城，灰尘遮天蔽日。人们惊恐万状，争相逃到街上。康熙帝和太皇太后、皇后、妃嫔及宫中的太监、宫女、朝中的要臣显贵等都撤离屋外，有帐蓬中住宿。同一天，又接连发生三次地震。此后三日内，每天都有余震发生，众多百姓无家可归，露宿街头。

康熙四年（1665）五月，清政府批准广东总督卢崇峻的请求，在广东省边界的香山县、广海卫、大鹏所、海门所、平海所设出海口，以便官兵运粮。地方官给与验票，设立中子处，拨官兵防守，稽察验票放行。如果借端在海贸易，“通贼”妄行，地方保甲隐匿不首者，照例处绞；守口官兵知情者，以同谋论，处斩；不知情者，从重治罪。

康熙四年（1665）六月，清政府批准吴三桂的请求，将平定后的水西土司改土归流。在水西共设三府，三府新名由吴三桂拟定具题。康熙五年，定新府名为平远府、大定府、黔西府，改比喇镇为平远镇。每府设知府、通判、经历、司狱、儒学教授各一员；三府共设推官一员，承办三府三府刑名大案。