北京宫殿即将建成，钦天监奏明年正月初一为吉日，应御新殿受朝贺。于是，永乐十八年（1420）九月初四，成祖定都北京，并遣户部尚书夏原吉往召皇太子及太孙，限期十二月底到北京。二十二日，又下诏：自明年正月，改京师为南京，北京为京师，设六部，云行在之称。并取南京各印信给京师诸衙门，另铸南京诸衙门印信，全加“南京”二字。十一月初四，以迁都北京诏告天下。永乐十九年正月初一正式迁都北京，十一日大祀南效，十五日赦。

自永乐六年（1408）六月开始动工兴建北京，至永乐十九年十二月二十九日，北京的郊庙宫殿全部落成，共历十三年半的时间。其规制全仿南京，但是其高敞壮丽则远远超过南京。又于皇城东南建皇太孙宫，东安门外东南建十王府邸，共为屋八千三百五十楹。论营建之功，进封薛禄为阳武候，擢工部营缮清吏司郎中蔡信为工部右侍郎，营缮所副吴福庆等七人为所正，所丞杨青等六人为所副，以木瓦匠金珩等二十三人为所丞，赐督工文武官员及军民夫匠钞、胡椒、苏木各不等。

永乐十九年（1421）四月初八，奉天、华盖、谨身三殿同时发生火灾。营建了十三年的北京新宫，竟然在落成不到四个月时就被烧，此事对成祖的震动很大，怀疑其统治是否引起天怒人怨。于是，初十，诏文武群臣尽言无隐，直陈其缺失。十三日，又诏令停止一切不便于民及不是当务之急的工程，免除永乐十七年以前拖欠税粮、课程、盐课、马革等项及永乐十八年受灾地区的粮草。十七日本为万寿节，也因三殿发行火灾而停止朝贺。

永乐元年（1403）成祖建北京于顺天府，称为“行在”。永乐十九年（1421）改北京为京师。洪熙初年，仁宗欲迁都南京，命北京诸司仍称行在。正统六年（1441）八月，宁波知府郑恪请定都京师，改号南京，英宗从之。是年十一月初一日，英宗以宫殿成，大赦天下，正式定北京为京师，罢北京行在之称。在南京的府、部、司、寺、院、局悉冠以南京，改其官印。

永乐二十二年（1424）十月，谕户部尚书郭资：往年百官军士扈从，每月给米五斗。如今建都北京，这些人都有家室，恐怕不够维持其生计。常常是遵纪守法者被饥寒所困扰，而贪赃枉法者则肆无忌惮。于是，命令增发京官及军士月廪。

初设两京户部行用库，专理倒易新钞，兼收民间金银。永乐二十二年（1424）十月初一日，朱高炽采纳户部尚书夏原吉言，罢金银交易之禁，并广收民间钞入官，凡昏烂钞币全部焚毁。又增加肆门摊诸税，折收旧钞。遂革罢两京户部行用库。待钞法通后仍复其旧。

旧制京师八府只设一巡抚驻蓟州。因鞑靼寇边，一官不能兼顾，遂于成化八年（1472）应都给事梁璟之请设东、西二巡抚：东治顺天府、永平府，驻遵化；西治保定等六府，兼提督紫荆关、倒马关，驻真定。遂为永制。

嘉靖二十九年（1550）九月五日，嘉靖帝任命“工部左侍郎孙檜为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，提督蓟州军务，节制河间，真保，辽东兵马，镇巡以下，悉听节制”来加强蓟辽地区的防御。

明与后金之著名战役。万历四十六年(1618),后金军攻陷抚顺、清河(在今辽宁本溪)等地。明廷决定大举反击。次年,经略杨镐统兵八万八千余人,号称二十四万(一作四十七万),分四路合击赫图阿拉。努尔哈赤得侦卒探报,采取“凭尔几路来,我只一路去”的方针,只留少数兵力留守后方,集中八旗六万之众,首先迎击左翼中路的杜松军。萨尔浒(今辽宁抚顺县东北浑河南岸)之役,杜松及所部三万之众,悉被歼灭。明北路马林军闻杜松已败,急据尚间崖(距萨尔浒约三四十里)掘濠坚守。努尔哈赤移师击之,一举尽歼,马林仅以身免。明南路刘綎军绕道进逼赫图阿拉,以路远不知萨尔浒败讯。努尔哈赤命降将持杜松令箭,催刘部速进,诈称杜部已近敌城。刘綎信之,亲率前军进击,中伏战死,南路军亦败。惟右翼中路军李如柏部,因杨镐闻败后急檄撤退,得免。是役,明折军四万三千余人,文武官三百余人,其中杜松、刘綎均一时名将。后金军死伤不过数百人。这是后金与明朝兴亡史上的重大转折。（来源：中国历史大辞典·下卷， 2000-03）

天启四年（1624）二月三十日，京师滦州（今河北滦县）地震。先是，十三日，蓟州、永平、山海关等地屡震，震坏城郭、庐舍无算。至是，滦州大震，坏庐舍无数，地裂涌水异物。乐亭旧铺庄，地裂涌黑水，高尺余。迁安声如巨雷，塌坏城垣民舍无数。卢龙震倒官民房舍甚多。京城内宫殿动摇有声，铜缸之水腾波震荡。这次地震连续时间长，有的一日二、三震，如东安，辰巳时地震，至申时又震，从乾起有声。迁安一日数十震、卢龙、滦州持续达四十余日。至三月初二日，京师又震三次。大城地累震，屋瓦动摇，夜不敢寝，多有露宿者。东光地大震物皆摇动。昌黎、新安、真定府、蓟州、遵化、玉田、河间府、保定府、天津三卫，以东山东临邑、德平、海丰、武定州（今惠民）等二十余州县皆震。震中烈度（Io）VIII，震级（M）为六点二五级。