顺治元年（1644）七月初五日，南明福王政权派应天（南京）巡抚左懋第为正使，左都督陈洪范、太仆寺少卿马绍愉为副使，携金千两、银十万两、缎绢万匹，北上向清乞和。乞和的条件是：第一，在北京天寿山特立园陵，改葬崇祯帝后；第二，割山海关外地与清；第三，每年向清献银币十万两。但清廷的目的要消灭南明小朝廷，统一全国，遂不接受和议，并拘捕了左懋第，将其幽禁在太医院，而将陈、马二人释放。陈、马回到南京后，充当了清兵进军南京的内应。次年五月南京被清军攻占的消息传到北京后，在太医院过着幽禁生活的左懋第痛苦不食。当多尔衮派人令他和属下人剃发时，左懋第等坚决拒绝，被下刑部狱。后来多尔衮和汉官多方劝降，左懋第等除力拒外，惟求速死。多尔衮看劝降不成，下令将其斩首。左懋第至菜市口刑场后，问属下人：“悔乎？”属下人回答说：“求仁得仁，又何悔？”左懋第连呼“好，好”，南向四拜，端坐受刃而死。

顺治元年（1644）五月十五日，在明朝残余的大地主、大官僚、大军阀的扶植下，福王朱由崧在南京称帝，年号弘光。弘光政权把“讨贼复仇”作为宗旨，命史可法以督师地位驻镇扬州，指挥江北四镇与农民军对抗。但它一开始就分成依附四镇的马士英、阮大铖派和依附左良玉（以镇压农民军起义起家的军阀）的东林余党。他们争权夺利，互相攻击，势同水火。两派都主张镇压农民起义军，而寄希望于和清朝统治者妥楞。而弘光帝本人更是终日沉湎酒色，过着花天酒地，荒淫无耻的生活，对人民的剥削甚于往日。弘光政权终于在清军的铁蹄和人民的唾骂声中土崩瓦解。顺治二年（1645）五月十五日清军占领南京，弘光帝在逃亡途中于二十二日被俘，次年被解京处死。

顺治元年（1644）四月二十一日，李自成率领农民军到达山海关，即对东罗、西罗、北翼等城发起猛攻，吴三桂督兵顽抗。大战自辰至午约六个时辰，除守御西罗城的吴军设了一伪降计，使农民军将士信以为真，遭受了一些挫折外，守御东罗、北翼二城的吴军均濒临危殆，难于支撑。不料，当天晚上多尔衮率清军到达山海关，次日凌晨，吴三桂以炮轰击农民军的包围圈，从隙道突围直驰清营，拜见多尔衮，剃发称臣。狡猾而机敏的多尔衮害怕农民军，不敢与之硬拼，于是命吴三桂打头阵，自己则蓄锐不发，按兵不动。吴三桂倾精锐而出，农民军英勇搏战。到了午后，农民军将吴军紧紧包围起来，吴军东驰西突，苦战良久，几不能支。正当双方精疲力竭时，作壁上观的清军从阵右冲出，农民军措手不及，忽然间狂风大作，农民军将士睁不开眼，终于败下阵来。山海关战役是关系到李自成农民军兴亡的一次重要战役。李自成自进入北京后，在军事上产生了麻痹大意思想，在策略和战略上又欠周密的考虑，更没有看到清军对自己的严重威胁，以为吴三桂不堪一击，结果吃了败仗，在北京也站不住脚，只得撤回陕西。

顺治元年（1644）四月二十一日，李自成在农民军到达山海关前，即派部将唐通带数百人前去招降吴三桂，行至距山海关二三十里处的一片石时，突然遭到吴三桂和当地豪绅地主武装的袭击。农民军奋勇杀敌，直战至日暮，牺牲了百余名战士，终因寡不敌众而失败。这次战役规模虽小，但却表明吴三桂已向农军举了屠刀，李自成的招降活动彻底破产了。

崇祉十七年（1644）三月，大顺军会师北京城下。十七日，李自成亲自指挥大军环攻九门。十八日，大顺军将士架飞梯奋力攻城，越墙而入，攻占外城。与此同时，明太监曹化淳献彰义门投降。崇祯帝朱由检听到城破，立即命其三个儿子更衣出逃，逼周皇后自缢，剑砍长女乐安公主手臂，又杀妃嫔数人，然后换上便服，携太监王承恩等数十人，出东华门，企图出逃，没成功，又返回宫内。十九日清晨，李自成军攻破内城。崇祯亲自响钟召集百官，竟无一人响应，崇祯见大势已去，便与太监王承恩入内苑，对缢于煤山（今景山）寿皇亭树下，明朝至此宣告灭亡。

顺治二年（1645），明末清初的著名思想家顾炎武为响应南明弘光政权的征召，撰写了著名的《乙酉四论》。弘光政权建立后，顾炎武由原明昆山知县杨永言举荐，获得了一个兵部司务的官职，于是他就把复明的希望寄托于弘光政权，撰写了《军制论》、《形势论》、《田功论》和《钱法论》，合称“乙酉四论”。在四论中，顾炎武从弘光政权立国南京的实际出发，针对明末在农田、钱法和军制诸方面的积弊，提出了一些解救危难的应急措施。在《军制论》中，他提出了“寓兵于农”之法，强调不能尽驱民为兵，否则民怨沸腾，国事将不忍言矣。在《形势论》中，他主张北守徐、泗，西控荆、襄，南通巴、蜀，进而联天下为一，国势可振。在《田功论》中，他指出当前之急务是召民垦田，发展农业生产，以保证军饷。在《钱法论》中，他指出钱要自上而下、自下而上，流而不穷。这些措施虽然切实可行，但在当时弘光政权内部文官同室操戈，武将拥兵自重，水火不容的形势面前终于成为泡影。

顺治二年（1645），清廷下诏纂修《明史》，以内三院大学士洪承畴、冯铨、范文程、刚林等为总裁官，以学士詹霸、宁完我等为副总裁官，并选取纂修、收掌及满、汉字誊录等官。但是，当时明朝灭亡不久，档案史料散失极多，实录也很不全，明熹宗天启实录就是缺天启四年纪事，天启七年六月及崇祯一朝事迹俱缺。这就给纂修《明史》带来很大困难。为此，大学士刚林在顺治八年二月向清廷提出建议，以重金购求天启、崇祯实录以及邸报、野史、外传等书籍。但由于当时清廷忙于进行统一全国的战争，无暇顾及此事。修史的条件既不成熟，自然也就无成绩可言了。

顺治二年（1645）七月二十四日，清廷准户部奏，于西陲招商市茶，给予勘合，以易“番”马，“酌量价值，两得其平，无失柔远之义”。上年曾定茶马交易条例，每茶一篦重十斤，上马给茶篦十二，中马给九，下马给七。本年起，年差御史辖五茶马司，通接“西番”关隘处所，拨官军巡守，如有私茶出境，即捉拿赴官治罪。

顺治二年（1645）闰六月初七日，南明礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙奉明太祖九世孙、唐王朱聿键监国于福州。二十七日，朱聿键在福州称帝，改福州为天兴府，建元隆武（隆武有光武中兴之义）。封黄道周为吏部尚书兼武英殿大学士；郑芝龙为平虏候，主持军事。这是南京失陷后，南明建立的第二个政权。八月，隆武朝廷君臣议战守，决定把浙闽交界的仙霞岭作为防线，以兵十五万人把守，制止清军南下；招兵买马，编练行伍，准备明春进兵，收复失地，实现中兴。但是，隆武王朝一开始内部纷争十分激烈，郑芝龙一派和黄道周一派互相倾轧，势如水火。尤其是郑芝龙，他之所以拥立隆武帝，是要打着隆武的旗号，政治上扩张势力，经济上保持和扩大自己的巨大财产，并寻机出卖隆武帝，以投降清朝，换取更大的荣华富贵。因此，郑芝龙把持的隆武王朝和弘光小朝廷一样一事不作，一矢不发，拥兵不战。顺治三年八月，郑芝龙按照与降将、清军五省经略洪承畴所订密约，尽撤仙霞岭防线的兵力。八月十七日，清军从容进入福建。隆武帝于二十一日逃到汀州（今长汀县），二十八日被俘获，并被押回福州斩首。隆武王朝至此复灭。

顺治二年（1645）六月初一日，吴江进士吴日生和举人孙兆奎等人，听到清兵南下的消息，聚集一千多人，屯兵在太湖边上的长白荡，准备截击清兵。太湖和洞庭湖上的各路义军也纷起响应，一时声势浩大。他们用白布裹头，被称为“白头军”。接着，吴日生就率领“白头军”攻进吴江县城，杀掉降清的知县朱国佐，还与驻吴淞的明总兵吴志葵取得联系，准备共同收复苏州。但由于吴志葵不积极支援，攻打苏州的战斗失败了。清廷听到吴江失守的消息，连忙调集军队前来围剿。吴日生指挥千余只渔船，半路截击，把清军打得落花流水。清廷不甘失败，再派降将李成栋和松江提督吴胜兆层层围剿，吴日生寡不敌众，泅水潜逃。不久，他又回到长白荡，重新整编军队，制旗铸印，设官分职，阵营为之一新，并从长白荡到淀山湖建立了许多白头军抗清的根据地。次年六月，正当白头军准备攻打嘉善时，吴日生由于误中了清知县刘肃之的诈降计，被捕并解至杭州处死。