康熙六十年（1721），清政府在第二次用兵西藏取得胜利以后，决定加强在西藏的施政措施。二月二十八日，抚远大将军允禵疏言：西藏虽已平定，驻防尤属紧要。他报告了在西藏的清军以及西藏地方官员的情况。于是，清政府决定：派满洲、蒙古以及绿旗兵，总共四千名驻扎西藏，由公策妄诺尔布置理定西将军印务，统辖驻茂兵马，额驸阿宝，都统武格俱参赞军务。这是清政府在西藏驻兵之始。此外，因为空布地方的第巴阿尔布巴首先归附，同清军一起取藏，阿里地方的第巴康济鼐截击准噶尔军回路有功，均封为贝子，隆布奈亲身归附清政府，授为辅国公。清政府决定以阿尔布巴、康济鼐、隆布奈以及达赖喇嘛的总管扎尔鼐等四人为噶布伦（意为政务官员），联合掌政，以康济鼐为首席噶布伦，组建西藏地方政府。西藏地方政府官员由清朝中央政府任命，这既消除和硕特蒙古汗王在西藏的影响，也改变了以往第巴一人独揽大权的局面，加强了对西藏地方的直接管理。在招抚里塘、巴塘以后，清政府又接受了四川总督年羹尧的意见，把里塘、巴塘划归四川省，由四川统辖。清政府还在打箭炉至拉萨沿途设立驿站，密切西藏与内地的联系。早在康熙四十八年（1709），清政府就曾派侍郎赫寿前往西藏，协同当时的拉藏汗输事务，这成为清政府向西藏直接派遣办事官员的开端，后来发展为驻藏大臣制度。康熙朝中晚期采取的上述措施，加强了清政府在西藏地区的施政。

康熙六十年（1721）十月初五日，福建、浙江总督满保等疏言：台湾等三县相距辽阔，又隔重洋，防汛额兵不免单薄，请增加兵丁。康熙帝谕示大学士等：福建总督、巡抚、提督都奏请台湾增兵，朕意增兵无用。台湾地方水师营著副将一员，兵二千名，陆路营著副将一员，兵二千名驻扎。水师有事，陆路可以照应，陆路有事，水师也可以照应。台湾总兵官移于澎湖，亦著兵二千名驻扎，令其管辖，均有裨益。驻扎之兵不可令台湾人顶补，俱将内地人顶补，兵之妻子，不必带往，三年一换。每年自京派出御史一员，前往台湾巡查。此御史往来行走，彼处一切信息可得速闻。凡有应条奏事宜，亦可条奏，而彼处之人，都知畏惧，至于地方事务，御史可不必管理。康熙帝令将此旨传至九卿。

康熙六十年（1721）七月，准噶尔部策妄阿喇布坦遣使携书信至俄国圣彼得堡。当时朝廷大军进逼准噶尔。策妄阿喇布坦在信中建议：如俄国与准噶尔订立反对中国朝廷的防御同盟，准噶尔部将允许俄国“探矿者”自由过境。俄国遂遣使至准噶尔，以沙皇书信交策妄阿喇布坦，书信中写道：如准噶尔臣服俄国，俄国可向中国朝廷交涉，或作军事示威；准噶尔应允许俄国找矿，并让与领土以便俄国建立要塞，保护探矿。当准噶尔部使者赴俄国消息传到北京后，清政府官员曾向留北京的俄国副使兰格提出抗议。后来，由于形势变化，俄国臣服准噶尔部的企图未能实现。

康熙六十年（1721）三月初四日，诸王、贝勒、满汉大臣、文武百官为庆贺康熙帝御极六十周年，联合上疏恭康熙帝二十字尊号：圣神文武钦明睿哲大孝弘仁体元寿世至圣皇帝。谁知康熙帝和以往一样，仍然给以拒绝。他说：从来所上尊号，不过将字面上下转换。这是历代相沿的陋习，专门欺诳不学无术的帝王，以为是尊称，其实并没有什么尊贵之处。现在国家西部地区用兵，官兵披坚执锐，冒暑冲寒，劳苦已久、人民负重跋涉，挽运远道，也很疲困，再加上有许多地方受灾，百姓更加受累。在这种情况下，只有修省图治，使百姓受益，哪有什么值得庆贺的呢！有些微贱无耻之人，以为举行庆典必有殊恩，想有所得；更有人以为六十年庆典必定实行宽大政策，乘机故意杀人犯法。可见庆贺无任何益处。康熙帝拒绝上尊号已有十余次。此前，凡国家取得重大胜利，或逢皇帝四十、五十大寿，执政四十、五十周年等喜庆日，诸王、贝勒、满汉大臣、蒙古王公以及达赖喇嘛等，都纷纷请上尊号。对此，康熙帝一律加以拒绝。他并不是不关心臣民乃至后人对他的评价，只是认为，这种活动铺张浪费，加重人民负担，对朝政有害无益。他曾多次重申：如果大小臣工，人人廉洁，使人民各得其所，风俗淳厚，教化振兴，天下共享太平之福，虽不上尊号，令名实多。如果一切政治不能修举，既使上尊号又有何益？我决不受此虚名，况且，现在官吏很少廉政，百姓也未富裕，君臣之间没有什么功绩可记，再上尊号，加臣子们官秩，只有负愧感觉，决不会有尊荣可言。

康熙六十年（1721）四月十九日，朱一贵率众在台湾起义。朱一贵，福建长泰人，寓居台湾，耕田养鸭度日。他性情慷慨，喜欢交结朋友，痛恨清朝官吏贪污腐败，苛虐百姓。康熙五十九年（1720），台湾凤山（今高雄）知县出缺，台湾知府王珍兼摄县事，却把政事交与次子办理。王珍征收粮税苛刻，每石要折银七钱二分，多于内地数倍。他还无故监押百姓，勒索钱财。这些倒行逆施引起民情激愤，朱一贵便与好友黄殿等密谋反清。他们相约得一千余人，砍竹为尖枪，在乌山头竖旗造反。朱一贵起义爆发后，清台湾镇总兵欧阳凯立即派右营游击周应龙率兵前往镇压。四月二十七日，朱一贵在赤山（今高雄旗山）大败清军，周庆龙狼狈而逃，清南路营参将留景龙被擒杀。三十日，欧阳凯亲率军一千五百人进攻起义军，朱一贵率众与清军大战春牛埔（今台南市境内）。起义军杀欧阳凯及其以下副将、游击、守备、千总、把总十余名，致使清军溃不成军，先后逃往澎湖或泉州。朱一贵等进驻台湾总兵官署和台厦道署，控制了台湾府治，领众一时达三十万人。五月初三日，朱一贵被部众拥立为义王，建立政权。六月十六日，清福建水师提督施世骠奉命赴台进攻起义军。二十一日和二十二日两次激战，起义军损失惨重。闰六月初八日，朱一贵等人被俘。后被解送京师处死，年仅三十四岁。

康熙六十一年（1722）十一月二十日，康熙帝第四子胤禛在太和殿即皇帝位，历史上称雍正帝。随后，他祭告天地、宗庙、社稷，布告天下，以明年为雍正元年。雍正帝即位有其历史的原因。在康熙晚年争夺储位斗争中，康熙帝已经形成了一派势力。其中，有皇十三子允祥，康熙近臣、贵幸隆科多，大学士马齐，川陕总督年羹尧等人。隆科多是康熙帝孝懿仁皇后的弟弟，也就是康熙帝的内弟，雍正帝的舅父，当时任理藩院尚书、步军统领，手据兵权，负责京师九门、畅春园及宫廷的警卫工作，地位非常康熙帝的怀疑和指责。此外，其他皇子都是别人抚育长大，只有皇四子是康熙帝亲自抚育，在康熙帝身边长大。因为这种情况，他善于体会康熙帝的心思，问寒问暖，殷勤恳切，获得了康熙帝认为是又诚又孝之人。雍正帝虽然也和其他兄弟对立，但是只表现在暗处，从不在康熙帝面前表露，相反，他还经常在康熙帝面前说其他兄弟的好话。正因为雍正帝工于心计，手腕高明，知道康熙帝喜欢什么，反对什么，怎样迎合才能讨得欢心，所以，康熙帝对雍正帝的印象一直很好。康熙帝称赞雍正帝是性量过人，深知大义，居心行事，有伟人气魄。由于雍正帝和康熙帝的感情很密切，从未发生过裂痕，康熙帝晚年，经常让雍正帝陪着游园散心。康熙帝得病后，雍正帝曾流着泪照顾服药。雍正帝的孝敬博得了康熙帝的喜爱。这样，康熙帝在最后时刻，便决定皇位由雍正帝继承。

康熙六十一年（1722）十一月十三日，康熙帝因病去世，享年六十九岁。康熙帝晚年因立储失败，精神上无限烦恼和忧伤。他日夜不安，费心劳神。从康熙五十六年十一月起，大病七十余天，心神恍惚，身体虚惫，动转需人扶持，举兵艰难，健康状况一天不如一天。他还要随时防备被暗杀、逼宫、不得善终的危险。在这种情况下，死神终于向他走来。康熙帝是因病去世的。从康熙四十七年冬天开始，他就已经疾病缠身，衰老体弱，头晕，腿肿，右手失灵，面部发白。从种种现象看，他得了心脏病和血管病。康熙六十一年十月二十一日，他去南苑行围。大学士等九卿科道官员上疏，谈到明年万寿七旬大典，应庆贺典礼。康熙帝和往常一样，不同意为他铺张，没有批准。十一月七日，病发，他从南苑回驻畅春园。因为有病，不能亲自行十五日南郊大祀礼，便命皇四子胤禛派遣侍卫、太监等到畅春园请安，均传谕旨说病情已有所好转。不料从十三日丑刻开始，康熙帝病情恶化，他命从斋所召皇四子胤禛速归；接着，皇三子允祉、七子允祐、八子允禩、九子允禟、十子允（礻我），十二子允祹、十三子允祥，以及理藩院尚书隆科多，均被召至御榻前，面谕皇四子胤禛继承皇位。戍刻，康熙帝崩于寝宫，结束了他轰轰烈烈的一生。十四日，上尊缢为：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，庙号：圣祖。雍正元年九月初一日，雍正元年至十三年（1723－1735）葬于景陵。

康熙六十一年（1722）四月二十九日，因福州将军黄秉钺开始答应把四旗裁减马粮奏请再行给与，令士兵们攒凑银两作为赴京费用，后来赴京未能成行，而黄秉钺也未把银两退给士兵。于是，士兵们在披甲王殿吉领导下哗变，围垒将军大门。后来，经巡抚晓谕以后才散去。此事经闽浙总督满保疏参，议政大臣等议，康熙帝旨准，将黄秉钺革职，哗变为首兵丁王殿吉、武坤山立斩、家产入官，妻子给功臣家为奴；哗变为从兵丁张伦等六人处绞监候，沈元弼等二百一十八人鞭一百发往盛京，分与汉军佐领下效力。

康熙六十一年（1722）三月，台湾淡水百姓林亨等复谋起义，以“合心王”三字为暗语，事情败露，被擒斩者达数十人。不久，黄潜等数十人夜聚昼散，拜旗结义，杀官兵。郑仕等人也聚党谋竖旗起义。但是，这些全被总兵官蓝廷珍遣兵谋杀。针对台湾不稳定的形势，福建巡抚吕犹龙于四月初十日上奏指出：台湾总兵改设澎湖，应令其往来澎台之间，稽查营讯，自不致有误。水师提督姚堂等也上奏说：澎台隔越汪洋，阻风则半个月不能至，声息不易相通，彼此难于照应，不如依照旧制，在澎湖设副将，在台湾设总兵，有益于地方事务。清政府采纳了上述建议。此外，还把台厦道所属守备一员，千总一员，所总一员，兵三百六十名，分设于南北两路，战船四只拨归台镇。

康熙六十一年（1722），康熙帝多次举行千叟宴。正月初二日，他把八旗满洲蒙古汉军文武大臣官员，以及致仕退斥人员，年六十五岁以上者，总计六百八十人，召到乾清宫前，设宴款待，还命诸王、贝勒、贝子、公及闲散宗室等授爵劝饮，分颁食品。初五日，康熙帝又召汉文武大臣官员，以及臻仕退拆人员，年方十五岁以上者，三百四十人宴于乾清宫前，命诸王、贝勒、贝子、公及闲散宗室等授爵欢饮，分颁食品，一切礼仪同于初二日。康熙帝还与七言律诗一首，又命参加宴会的满汉大臣官员每人也各写一首诗，记述参加宴会的盛况，并命名为“千叟宴诗”。康熙帝举行千叟宴，实际上始于康熙五十二年。那一年适逢康熙帝六十寿辰，各地许多老人为皇帝祝寿前来京城。康熙帝对这些人非常关心，多次谕示有关部门：朕闻各省为祝寿来京者甚众，其中老人更多，均非本地人，是届春季，寒热不均，或有水土不服，亦未可知。应立即传与汉官等，如有人患病，即令太医院看治，务得实惠。康熙帝还谕大学士等说：天下许多老人为庆祝朕六十大寿，从数千里以外而来，怎好令他们空手而回，应赐他们筵宴，然后遣回，于是这一年三月二十五日，康熙帝在畅春园正门前，设宴款待各省来京老人，其中，九十岁以上的三十三人，八十岁以上的五百三十八人，七十岁以上的一千八百二十三人，六十五岁以上的一千八百四十六人。二十七日，又宴请八旗满洲蒙古汉军大臣官员，护军、兵丁、闲散人等，其中，九十岁以上的七人，八十岁以上的一百九十二人，七十岁以上的一千三百九十四人，六十五岁以上的一千十二人。