乾隆五十五年（1790）五月二十三日，乾隆帝以四库全书荟萃古今载籍，不仅要内府珍藏，藉资乙览，还要其流传广播，沾溉艺林，使石渠天禄之藏，无不家喻户诵，遂谕示：镇江文宗阁、扬州文汇阁、杭州文渊阁所藏《四库全书》，准士子赴阅检视抄录，俾资搜讨。文渊阁等贮藏底本，亦许翰林就近检录，掌院学士不得勒阻留难。

乾隆五十六年（1791）十一月初二日，因廓尔喀大举入侵西藏，洗劫扎什伦布寺，乾隆帝授福康安为将军，海兰察、奎林为参赞大臣，统兵由青海入藏，反击廓尔喀入侵。乾隆帝在谕示中，还命福康安昼夜急行，限四十日抵藏。此后，鄂辉、成德相继革职，以惠龄为四川总督，奎林为成都将军。清政府还先后从东北调索伦兵二千，从金川调士兵五千，调川三千，并藏内官兵三千，总计约一万七千余人，开往前线。

乾隆五十六年（1791）十月十六日，应俄国请求，清政府准于恰克图开市。还是雍正六年（1728）五月十八日，中俄两国在恰克图正式签字互换了恰克图条约，规定恰克图是两国贸易地点之一。乾隆二年，中俄北京贸易停止，也归于恰克图。但是，由于俄国人私收货税，或俄兵持械进入卡伦抢夺，俄国延不交犯，或俄国少校妄自尊大，有伤和气，清政府多次停止恰克图互市。对此，俄国政府因贸易大受影响，乃表现出焦急不安，并多次向清政府提出恢复恰克图互市。在一次俄国萨那特衙门至清朝理藩院的文件中，俄国政府表示，从前恰克图贸易通商，于俄罗斯大有裨益，敢乞施恩复准开市。这样，经乾隆帝谕示，恰克图始重新开市。

乾隆五十六年（1791）七月初七日，廓尔喀兵占据聂拉木；八月二十一日，侵据扎什伦布（今日喀则）。消息传到京师，朝野大惊。先是乾隆五十三年，廓尔喀人入侵后藏。乾隆帝以理藩院侍郎巴忠会藏语，命其任监军，前赴西藏办事。巴忠自恃为御前侍卫，希图草率了事，便同噶布伦丹津班珠尔私议与廓尔喀和解：廓尔喀退回侵占的后藏聂拉木、济咙、宗喀（今西藏吉隆）三处地方，西藏每年给廓尔喀元宝三百个。巴忠还以廓尔喀乞降上奏，欺骗朝廷，同时又促使廓尔喀人入贡受封。但是，丹津班珠尔未能如期给廓尔喀人元宝。这样，廓尔喀兵占据扎什伦布寺，肆行掳掠，将塔上镶嵌绿松石、珊瑚等摘去，金银佛像抢去大半，金塔顶、金册印都被掠走。一时后藏大乱，班禅七世丹贝尼玛因早已被驻藏大臣移往前藏，才得免于祸。随乾隆帝前往承德避暑山庄的巴忠闻讯后，立即畏罪投水自沉死。乾隆帝命四川总督鄂辉、成都将军成德等，率领川军四千人，由打箭炉出口进城，驱逐廓尔喀入侵者。

乾隆五十六年（1791）七月初一日，回疆（新疆南部）阿奇木伯克迈默特阿布都拉呈请投立满文学校，选其子弟及众伯克之子弟内质可造就者，教习礼仪等。乾隆帝批准了这一请求，派选通晓满文满语员弁前往教授，还赏给迈默特阿布都拉大缎一匹。

乾隆五十六年（1791）四月二十七日，太子少保、协办大学士、吏部尚书彭元瑞，因徇私容隐罪，被革去原职，降授为侍郎。彭元瑞原管理武英殿、国子监事务。乾隆五十五年十二月，武英殿校录缺出，彭元瑞将其婿饶文震咨送，后因诸生啧有烦言，乾隆帝令武英殿提调具文驳回，而国子监咨送原稿，仅注明“回避”字样，未经划行，也未停止咨送，表现了彭元瑞徇私滥送之弊。此外，彭元瑞侄彭良馵顶名舞弊，事发后良馵以家有老母，再三哀求，彭元瑞即听从容隐，未拿送到部。因以上问题，彭元瑞被降革职务。

乾隆五十七年（1792）十月初三日，因允准廓尔喀国王修贡停兵议和，乾隆帝亲撰《十全记》，记述执政以来的“十全武功”，谕令军机大臣将此文缮写满、汉、蒙、藏四种文字，建盖碑亭，以昭武功而垂久远。这“十全武功”是：平准噶尔为二，定回部为一，扫金川为二，靖台湾为一，降缅甸、安南各一，二次受廓尔喀降。

乾隆五十七年（1792）八月二十六日，乾隆帝第一次提出以金奔巴瓶抽签法方式，确定达赖、班禅等大喇嘛的化身呼毕勒罕。十一月十七日，正式颁布金奔巴瓶制。达赖、班禅系黄教创始人宗喀巴两弟子，因黄教禁止娶妻，故宗喀巴遗嘱达赖、班禅俱称呼毕勒罕（活佛），圆寂后，新出数名呼毕勒罕孩童时，由拉穆主持，吹忠降神，以确定呼毕勒罕所在。但是，在拉穆吹忠往往受人嘱托，假借神言，徇情妄指，以致达赖喇嘛、班禅额尔德尼等，亲族姻娅，递相传袭，总出一家，与蒙古世职无异，甚至丹津班珠尔之子亦出有呼图克图之呼毕勒罕，以至众心不服。仲巴与沙玛尔巴均是呼图克图，同为前辈班禅弟兄，仲巴系扎什伦布商卓特巴，坐享丰厚，沙玛尔巴居住廓尔喀，未能分享，遂唆使廓尔喀兵抢掠，这些都是呼毕勒罕不真及族属相袭的流弊。乾隆帝清楚地认识了这些情况，便创金奔巴瓶制，以定达赖、班禅等大喇嘛的呼毕勒罕。金奔巴瓶制的具体做法是，设金奔巴瓶一于拉萨大昭寺，内装象牙签数枚，遇有呼毕勒罕出世互报差异时，将报出孩童名的出生年月日及名姓，各写一签，放入瓶内，焚香诵经七日，由驻藏大臣会同大喇嘛等在众人面前抽签决定。蒙古地方，各旗部落供奉的呼图克图很多，大小不等，则在京城雍和宫内设一金奔巴瓶。如蒙古地方某旗某部落出有呼毕勒罕，即报明理藩院，将其有关小孩年月姓名缮写签上，入于瓶内，交掌印扎萨克达赖喇嘛呼图克图等，在佛前念经，由理藩院大臣公同掣签。金奔巴瓶制度的颁定，不仅达赖、班禅和西藏的呼图克图，就是青海、蒙古的呼图克图，其择定呼毕勒罕之权，实际上都已归属清政府。这对加强清朝中央政府对蒙藏地区的管辖，起了重大的作用。

乾隆五十七年（1792）八月二十二日，清军统帅福康安接受了廓尔喀国王拉纳·巴哈都尔投降的请求，反击廓尔喀的战争基本结束。乾隆五十六年十一月，福康安受命驰抵后藏，立即整兵进行反击，在擦木、邦杏等地连获胜仗，随后又收复济咙，歼敌千余人。济咙以外，高山耸峙，道路崎岖，行走艰难。福康安把清军分成两路，他自率一路由济咙直夺界隘热索桥，成德等则率另一路由聂拉木直奔关隘铁索桥。乾隆五十七年六月，福康安领兵抵达廓尔喀关津热索桥。这里两边是悬崖峭壁，前面又有河流阻挡，敌人设碉卡防守，难以攻取。福康安便派兵潜从上游捆木渡河，分兵三股，奇袭敌军。廓尔喀兵败退，清军占卡焚栅，夺桥前进。成德率另一路清军也攻碉夺卡，占据山梁，强夺铁索桥。福康安和成德分别领军夺渡热索桥和铁索桥后，便翻越高山，攻占要道，深入廓尔喀境内数百里，很快逼近了廓尔喀都城阳布（今尼泊尔首都加德满都）。这期间，孙士毅、和琳、鄂辉、惠龄在前后藏、东西路也源源不断地把粮食、火药等物资运到军前。七月初八日，廓尔喀国王感到势穷力竭，表示愿送还所掠扎什伦布财宝、金塔顶、金册印，并呈献沙玛尔巴骨殖，认罪乞降。八月二十二日，乾隆帝命福康安接受廓尔喀投降。九月初四日，清军由廓尔喀境内全部撤出，退回济咙。不久，因反击廓尔喀功，福康安受赏一等轻车都尉，为武英殿大学士兼吏部尚书，和琳补工部尚书等。乾隆帝还命把挑起事端的沙玛尔巴尸骨，分别的在前藏布达拉（即拉萨）、后藏扎什伦布（即日喀则）以及察木多一带通衢大站地方悬挂，还将起衅犯事原因及过程，布告示众，以为儆戒。九月十六日，清政府定廓尔喀五年一贡。十月初三日，廓尔喀国王拉纳·巴哈都尔派使到北京入觐。

乾隆五十七年（1792）闰四月二十九日，乾隆帝令治仲巴呼图克图、孜仲呼图克图等罪，以为西藏众喇嘛鉴戒。原来，在乾隆五十六年廓尔喀入侵扎什伦布过程中，仲巴见势不妙，在敌兵未到之前，即将细软、物件搬至东喀尔藏匿。孜仲与四名堪布喇嘛，则在吉祥天母前占卜，妄称占得不可与贼打仗。结果，扎什伦布僧俗人心惑乱，没有进行什么抵御，就大部散去，造成廓尔喀兵毫无顾忌地抢劫扎什伦布。在治仲巴呼图克图罪的同时，乾隆帝还命鄂辉、和琳亲到布达拉，传集达赖喇嘛、班禅额尔德尼以及前后藏的呼图克图、喇嘛等，告以清兵进剿廓尔喀贼匪，完全是为了保护黄教。