顺治五年（1648）十月十一日，礼亲王代善在北京逝世，终年六十六岁。他是清太祖努尔哈赤的次子，身历太祖、太宗、世宗三代四朝，地位显赫，爵高权重，曾参与了自满洲兴起至清朝建立前后诸时期许多重大的政治、军事活动，对清朝的发展作过重要贡献、是著名的政治活动家、开国功臣。

顺治五年（1648）初，金声桓、李成栋倒戈反清后，即和南明军堵胤锡、农民军李过、高一功、刘体纯等共推明湖广总督何腾蛟主盟，出兵北伐，共同抗清。这年八月间，何腾蛟率军攻克永州、衡州，明军马进忠和李过、高一功等相继收复了常德、桃源、澧州、荆门、宜城等州县，湖南失地大部恢复，抗清形势大好。然而，当何腾蛟欲联合各部进攻长沙的重要时刻，与马进忠有隙的堵胤锡却于十月突然令马撤离常德，由李过、高一功等进驻。马进忠骄纵成性，迫于军令不得不服从调遣，但又惧怕堵胤锡和农民军并吞，于是大掠常德西走。这一举动使南明内部矛盾激化，南明军大乱，湖南新复州县为之一空，整个局面顿时混乱至不可收拾。何腾蛟闻讯大惊，轻车至湘潭以调解各方矛盾。决定兵分两路：一路由堵胤锡率李、高渡湘江而东走吉安，声援南昌金声桓；一路何腾蛟率马进忠等围攻长沙。次年二月，堵胤锡等离开湘潭后，马进忠部尚留湘乡，使湘潭无兵成为一座空城。清总兵徐勇侦知此事，率轻骑偷袭，捕获何腾蛟。何在清军的诱降面前，坚贞不屈，一再表示“头可断，心可剖”，决不投降。清军主帅知不可强求，于是杀害了何腾蛟。

顺治五年（1648）正月，故明宗姓朱容藩称监国于夔州，建立行宫，大封群臣。南明四川总督吕大器得此消息，兴兵讨伐。次年春，朱容藩兵败自杀。

顺治五年（1648）正月，南明大学士朱继祚起兵抗清。朱继祚，福建莆田人，隆武政权建立后任东阁大学士。后隆武政权瓦解，他奔还乡里。鲁王即位后，福建一些州县纷起响应，朱继祚也会同鲁王政权的同安伯杨耿合攻兴化。守城监司彭遇（风岂）令将士出战，自己则登城“易明旗帜”，出城迎战将士见状撤离，朱继祚顺利地占据了兴化。三月，清军大举反攻，朱继祚等抵敌不住，失败后自杀。

顺治六年（1649）正月初八日，清廷命纂修《太宗实录》，以大学士范文程、刚林、祁充格、洪承畴、冯铨、宁完我、宋权为总裁官，学士王铎、查布海等人为副总裁官。

顺治六年（1649）六月，朝鲜国王李倧病逝。八月二十日，清廷遣礼部启心郎渥赫等去朝鲜祭李倧，赐谥号“庄穆”。同一天，又遣户部启心郎布丹、侍卫撒卫岱为正副使，赍诰赦往封世子淏为朝鲜国王、妻张氏为王妃。十六年五月，李淏病逝。九月二十日，清廷遣工部尚书管侍郎事郭科、礼部侍郎祁彻白前往朝鲜祭李淏，赐谥“忠宣”。同一天，又遣大学士苏赫德、吏部侍郎觉罗硕博会为正副使，往封世子李渊为朝鲜国王，妻金氏为王妃，并送给他们鞍马、貂袭、彩币等物。

顺治六年（1649）四月间，山西农民的抗清斗争“蜂起横逞”。在晋东南，抗清队伍有十数万，攻陷汾州府，截断平阳、潞安两府大路，附近州县望风响应；在晋东北，五台、繁峙、宁武的农民军与义军，攻占忻口，围困崞县；在晋西北，抗清义军占据了偏关、河曲、兴岚等县至汾州府属“延袤千里”之地。清军被迫龟缩于太原孤城，陷入四面包围之中。五月，清廷急遣端重亲王博洛为定西大将军，率大军进剿山西，援救太原。起义军人数虽众，但由于分散各地，缺乏统一的领导和指挥，因而极易被清军各个击破。六月，清军攻下了平阳和汾州等州县。七月初，清廷又增派亲王满达海、郡王瓦克达率军征山西朔州、宁武。七月底，平阳府和汾州府农民又掀起了声势浩大的反清起义，清廷急令陕西总督孟乔芳率军增援博洛、满达海。经过多次激烈战斗，清军攻克了朔州、蒲州、临晋、河津等地，又收复了平阳、汾州、太原三府半数以上的地区。九月下旬，博洛、满达海合军攻克了汾州、兴岚等州县。至次年四月，清军陆续攻克了被农民武装占据的其他州县。从此，山西全省的抗清斗争日趋低落。

顺治六年（1649）正月，在河北农民军抗清斗争浪潮的鼓舞下，蔚州的饥民、逃兵也啸聚起事，组成大营和小营，大营共分十九营，总人数约为五六千人；小营十三营，总人数约二千人。他们平时骚扰清军后方，搅得清军不得安宁；而当一闻清军进剿时，则积极准备炮火、马枪、旗帜上阵。清统治者哀叹说：“居民为盗者十之七八，势难杀尽。”

顺治六年（1649）十一月二十七日，清靖南王耿仲明在南下征广州途中，于江西吉安自尽。先是，清刑部查获耿仲明属下牛录章京魏国贤、旗鼓刘养正、梅勒章京陈绍宗等人私自收留、隐匿逃人，于罪当死。顺治帝得知消息，极为震怒，便下旨严责耿仲明纵属下诱掠逃人，是犯不赦之条，命其“严察械归毋隐”。耿仲明接旨后大为惊恐，立即严察此事，并上疏请罪。刑部议定耿仲明当削王爵，罚白银五千两。清廷因东南频繁用兵，需要耿仲明等继续为其效命疆场，下令对耿仲明从宽保留王爵，对陈绍宗等人也免死。但是，耿仲明未等清廷宽大命令下达，即在江西吉安自缢而亡。他死后，摄政王多尔衮怒其自杀，不准其子袭爵。直至顺治八年顺治帝亲政后，他的长子继茂才得以袭王爵。

顺治六年（1649）八月十七日，户科给事中常若拄弹劾降清的原大顺农民军大学士牛金星父子，其罪名是：牛金星追随李自成为“贼”，“弑君残民，抗拒王师”；牛金星之子、湖广粮储道牛铨与其父为“贼”，又为官贪婪肆虐，赃私多达巨万。父子二人同为万世罪人，必须申以国法。清廷接到奏疏后，以投诚之“流贼伪官”多能为朝廷效力，不允常若拄所请。九月初一日，清廷又以常若拄参劾牛铨失实，将其革职。