顺治三年（1646）五月十七日，清廷以“将谋不轨”的罪名处死了降清的潞王朱常淓及被俘的弘光这。朱常淓，号敬一，明神宗亲侄，隆庆五年（1571）被封为潞王。顺治元年五月，弘光小朝廷建立后，潞王住居杭州。次年六月初八日，弘光朝廷被清军推翻的消息传开后，马士英和东林党人黄道周拥立潞王在杭州监国。但潞王是个花花公子，政治上无所作为，监国三天即派人向清军求和，企图以割让江南四郡换取清廷不进兵的诺言。十三日，他在清军在节节进逼下开门迎降，不久被带到北京“恩养”。顺治三年，清廷见抗清力量屡剿不绝，反而以复明为号召风靡各地，决定将弘光帝和潞王等处死。五月十七日，清廷以京师纷传故明诸王私匿印信，“谋为不轨”为借口，搜查潞王住处，果然查出潞王、荆王、衡王世子金、玉、银印，于是将潞王及被囚禁的弘光帝等十一位明朝王爷处决。

顺治三年（1646）五月初五日，清廷颁布了严惩隐匿逃人律。清廷入关之后，因数万奴仆逃亡，成为严重的社会问题。此等逃亡之人，称为逃人。清廷为维护满洲贵族和八旗利益，颁布了严惩隐匿逃人律，主要内容是：隐匿逃人（即窝主）不行举首，或被旁人讦告，或被地方官察出，即将窝主及邻佑九家、甲长、乡约人等，提送刑部勘问，一旦情况属实，将逃人鞭一百，归还原主。窝主从重治罪，其家资无多者，继给失主；家资丰厚者，或全给、半给，请旨定夺处分。首告之人，将窝主家资三分之一赏给，但不能超过百两银。对于本犯之邻佑九家、甲长、乡约均各鞭一百，流徙边远之地。如地方官未能察出窝主，即按怠忽稽察罪降调使用。如窝主自行出首，罪止逃人，余俱无罪。如邻佑、甲长、乡约举首，也将窝主的家资赏给三分之一。七月又规定：逃人自归者，窝逃之人及两邻佑流徙，甲长并另七家之人各鞭五十，该管官及乡约俱可免罪。

顺治三年（1646）三月十七日，清廷批准了吏部右侍郎金之俊的奏请，决定变通明朝进士授官制，使得“政体人情，俱得其平”。其具体措施如下：新过士除一甲外，二甲前五十名选部属，后二十名选评博中行；三甲前十名选评博中行，十一名至二十名选知州，二十一名至七十名选推官，其余尽数选为知县。

顺治三年（1646）正月十三日，摄政王多尔衮集诸臣在午门议定固山额真谭泰擅隐谕旨罪。早在顺治帝即位过程，多尔衮就千方百计庇护、拉拢谭泰，谭泰也竭力阿附多尔衮兄弟。顺治元年冬，谭泰随多尔衮胞兄、英亲王阿济格西征时，两人擅自绕道至鄂尔多斯、土默特，索取马匹。阿济格还胁令宣府巡抚李鉴释免因贪酷不法而被逮问的钦犯朱寿鏊，特别是不把顺治帝看在眼里，蔑称为“孺子”。顺治二年（1645）八月二十八日，诏令谭泰会同镶黄旗护军统领鳌拜聚集百官，宣布阿济格罪状。但谭泰竟擅隐谕旨，也不“集众传示”，被削去公爵，解固山额真任。不久谭泰因与其岳父、固山额真阿山私遣巫者与人治病，被告发。护军统领图赖和鳌拜共议谭泰罪行，并转奏多尔衮。多尔衮亲自在午门聚百官复勘，但耽延三日，迟疑不议定谭泰罪。图赖厉声质问多尔衮：为何三日不议罪？多尔衮恼羞成怒，反斥图赖态度粗暴，举止狂妄。而当诸王要议图赖罪时，多尔衮又装出宽容的样子，赦免了图赖。最后，谭泰也由众议斩首罪改为监禁。

顺治三年（1646）六月十一日，吏科给事中林起龙上《请速禁异端讹言疏》。他指出：入清后，兴盛于明代的各种民间教派，如白莲、大乘、混元、无为等峰起。它们聚众招群，以烧香礼忏秘密联络，“煽惑人心”，有的则与农民军结合在一起，成为抗清的重要军事。如不加严行禁止，必将导致政局不稳。清统治者对林起龙的建言十分重视，立即命都察院、五城御史、巡捕衙门及各省督抚、按察使等官：如遇各色教门，即行严捕，处以重罪，做为防微杜渐之计。从此，清廷开始了对“邪教”十分严酷的镇压。

顺治三年（1646）正月十二日夜，江宁（今南京）城内百姓与城外义军里应外合，突然围攻江宁，清军急忙调兵镇压，为首者三十余人被杀。十八日，明潞安王朱谊石、瑞昌王朱谊泐又与义军联合，聚众二万人分三路进攻江宁，由于清军早有准备，这支抗清队伍很快失败。

顺治四年（1647）三月二十四日，《大清律》修成，颁行全国。《大清律》是在清廷入关后，承袭《大明律》而编写的清朝第一部成文法典。由于它在一定程度上是《大明律》的翻版，与清初现实的情况相脱节，所以在颁行之初并未认真执行。又由于《大清律》竭力维护满官的特权地位，吏部对处分满官没有律例可行，导致吏治渐趋腐败。为整饬吏治，顺治十二年，清廷决定参照明朝的会典，编为“简明则例”。康熙二十八年（1689），清廷将现行则例附入《大清律》，使《大清律》日趋完备。

顺治四年（1647）十二月二十四日，清廷规定长城应留台座和设兵丁之数：长城自张家口关门至西黄河至东，共一千四十五里，应留台二百四十四座，每台设军丁三名，共七百三十二名，其余台一千三十二座不用；又自张家口起东至山海关止，共二千四百四里，应留台四百一十七座，每台设军丁三名，共一千二百五十一名，余台二千四百五十座不用。另，凡系捕鱼网户耕种往来之路及民间运木之路及，与鄂尔多斯部交易之地共留关口八处，其常峪、独石等十一口均堵塞。

顺治四年（1647）八月二十八日，清廷制定了绿营兵月饷：每名每月凡有马战兵二两，无马战兵一两五钱，守兵一两。不久又规定，不论战守之马步兵，每名每月均加给米一斗。

顺治四年（1647）琉球国中山王尚贤病逝，弟尚质自称世子，“遣使奉表归诚”。顺治十一年（1654）三月初七日，尚质遣使进贡方物，缴故明所封敕印，并请颁新敕印。七月初一日，顺治帝遣兵科副理事官张学礼等携敕印封尚质为琉球国中山王，赐其王印一、缎币三十匹、妃缎币二十匹；并颁定贡期：每二年一贡，进贡人数不得超过一百五十名，允许正、副使二员及从人十五名入京，其余人员俱留福建待命。