顺治四年（1647）底，江西、广东的降清明将金声桓、李成栋在当地抗清形势的影响和鼓舞之下，倒戈抗清。金声桓，原为左良玉手下麾将，后随其子左梦庚降清，率军进据江西。自以为功高无比，不但未封公候，只得了个江西提督总兵官，并且还受到巡抚章于天的监视和牵制。顺治五年（1648）正月二十七日，金声桓举兵叛清，杀死章于天，出榜安民，拥护永历政权，又派人劝说两广提督李成栋。接着，金声桓攻下九江。由于他拒听谋士的劝告，未能溯江而上，控制长江的上游，反而率师攻打赣州，误中了清军的缓兵之计，使清军赢得了喘息的时间。不久，清都统谭泰率军自江宁（今南京）进讨，连陷九江、饶州，金声桓狼狈回师南昌，困守孤城。次年（1649）正月十九日，清军攻陷南昌，金声桓在其府中投水死。李成栋，原为史可法部将，后率军隆清，他在顺治三年率清军攻打广州的战斗中立在汗马功劳，但是因求授高官不得，于顺治五年（1648）四月初十日叛清归明，亲迎永历帝至广东，然而他未能利用当时大好的抗清形势，出兵江西和金声桓的力量汇合，反而忙于在永历小朝廷内争权夺势。当清军围困金声桓于南昌时，李成栋受永历帝之命前往救援，在赣州之役中误中敌计，先自策马奔逃，被迫退往赣州的信丰。顺治六年二月被清军包围。二十六日李成栋率领所部在突围时渡涧溺死。

顺治六年（1648），《明史》总裁刚林鉴于清初明朝官方史料散失殆尽的教训，建议六科每月汇集奏折及谕旨录送史馆，由翰林官分别编纂，供修史时采用，得到了摄政王多尔衮的批准。清朝由此建立起按月编纂六科史书的档案制度。

顺治五年（1648）十一月十一日，顺治帝下诏旨说，满族贵族自开国以来，屡世出征，著有劳绩；命各部将他们分别升叙，实授官员，一概给与世袭诰命。这个规定，使满族贵族不仅本人获得了特权地位，而且可以传给子孙后代，并使这种特权地位永远继续下去。

顺治五年（1648）十一月初八日，清廷追尊太祖努尔哈赤以上四世为帝后：高祖泽王为肇祖原皇帝，母为原皇后；曾祖庆王为兴祖直皇帝，母为直皇后；祖昌王为景祖翼皇帝，母为翼皇后；父福王为显祖宣皇帝，母为宣皇后。十一日，诸王大臣纷纷上表章称贺。顺治帝于是颁诏，大赦天下。其诏条例共四十款。其中规定：豁免顺治元年至三年百姓拖欠的钱粮；逃人及其隐匿者，凡于顺治六年八月以前自归免罪，九月以后自归或被人告发者不免罪；惩治贪官污吏；对灾民实行蠲免。

顺治五年（1648）八月十五日，清廷鉴于各地抗清义师“偷制器械，私养马匹，毒害良民，作为叛乱”，禁止民间蓄养马匹、制造或私藏军器。规定：民间蓄养的马匹，地方官估值给价，作为清军坐骑；甲胄、枪刀、弓矢器械，可用者收贮，不可用者尽行销毁；有不遵禁谕私自隐匿兵器、马匹者，均作“叛逆”，一经查出或被告发，本人处斩，家产妻孥入官，邻佑十家长杖流；凡习武生童及武举等，只许马一骑、弓一张、披子箭九枝，不准用梅鍼箭，如借人事发治罪。顺治十二年（1655）九月初十日，清廷又重申禁止私贩马匹：嗣后蒙古卖马，只许各旗兵丁人役买用。如有马贩私买者，凡属满人则责成固山额真、梅勒章京等，汉人则责成五城并司坊等官严行禁缉。如禁缉不严，被人捕获，将所贩之马三分之一给捕获之人，余皆入官，牛录章京、骁骑校、小拨什库、司坊等官及贩卖者、买养者一并下刑部从重议罪。

顺治五年（1648）八月二十日，清廷下谕旨说，当今天下一家，为使满汉官民互相亲睦，允许缔结婚姻。九月十三日又规定：嗣后凡满洲官员之女欲嫁汉人者，须先呈报户部；其无职者之女，凡部册有名者，令各牛录章京报户部后方能出嫁，无名者听各牛录章京自行遣嫁；汉官之女欲嫁满人者，也要报户部，无职者听其自便；满洲官民娶汉人之女，实系为妻者，方准其娶。

顺治五年（1648）七月十四日，清廷始设六部汉尚书、都察院汉左都御史各一员。在此之前，六部只有满尚书各一员。此时，清廷为了加强对汉族地主的利用与依赖，决定满汉官员共同管理六部，增设汉尚书，以陈名夏为吏部尚书，谢启光为户部尚书，李若琳为礼部尚书，刘余佑为兵部尚书，党崇雅为刑部尚书，金之俊为工部尚书，徐起元为都察院左都御史。六部汉尚书虽然设立，但终顺治一朝并无实权，只是备员而已，真正的实权仍然掌握在满尚书手中。

顺治五年（1648），清廷为周知天下“生民之数”（即户口），以征收丁赋，制定了编审人丁之制。规定每三年编审一次（十三年又改定为五），责成州县印官照旧例造册。以百一十户为里，推丁多者十人为长，余百户为十甲。城中曰坊，近城曰厢，在乡曰里，各有长。凡造册人户，各登其丁口之数，而授之甲长，甲长授之坊、厢、里长，上之州县，州县合而上之府，府别造一总册上之布政司。民年六十以上免除丁赋，十六岁以上（俗称丁）起征。凡户籍有四种：军、民、匠、灶，各分上中下三等。丁分民丁、站丁、土军丁、卫丁、屯丁，总其丁之数而登黄册。督抚据布政司所上各属之册，呈达户部。顺治十一年（1655）十一月三十日，清廷又从户部议，命各省自顺治十三年为始编审人丁地土；各省责成于布政使司，直隶责成于各道；编审时要逐里逐甲查审均平，详载所征丁赋的原额、新增、开除，实在四项数目，造册报呈户部。

顺治五年（1648）闰四月十三日，清廷下令禁止高利贷。顺治初年，高利贷在农村十分活跃，地主、官僚、商人大肆进行高利贷剥削，往往利倍于本，利复起利。清廷为缓和阶级矛盾，下令禁止高利贷剥削。规定：今后一切债务，每银一两只许月息三分，不准多索及息上加息；不准放债予赴任之官；禁外任官放债予民，如违犯，双方俱治重罪；诸王府商人及旗下官员家人不准在外省贸易，盘剥百姓。

顺治五年（1648）十一月，明九江生员金志达和僧了悟等率当地农民万余人抗击来犯的清兵。他们在鄱阳、彭泽之间结营扎寨，进占池州，又攻取东流、建德，一时声威大振。但不久，他们在清军节节进攻下，丢掉了一个又一个地盘，直至失败。