顺治三年（1646）十一月初二日，南明大学士苏观生等拥戴隆武帝之弟、唐王朱聿钅粤监国于广州。初五日，唐王匆忙称帝，改元绍武。在苏观生的把持下，绍武政权一开始就没有把抗清放在首位，相反为了争夺帝统，和刚刚建立的永历政权互相火并，兵戎相见。但是，清兵这时已在降将李成栋的带引下攻破惠州、潮州，直向广州进发。（1647）十二月十四日，清军以十四骑伪称援兵赚开城门，大队蜂拥而入。苏观生急召宿卫百余人抵敌。次日，广州落入清军之手，唐王及苏观生等皆自缢。绍武政权仅仅维持四十一天就覆灭了。

顺治三年（1646）十月，南明隆武政权东大将军周鹤芝遣使到日本乞师，以抵抗清军。当时，主持日本朝政的撒斯玛王慨然许诺，约定次年四月发兵三万及所需的战舰、军用物资及器械等。周鹤芝大喜，欲派使臣携带珠玑玩好之物，前往日本迎师。这时肃虏伯黄斌卿怕周鹤芝有了外援后势力强大，难以制服，于是就是以借重外国兵，可能成为“吴三桂之续”为由加以拒绝。周鹤芝一怒之下回到福建。不久，隆武政权垮台，黄斌卿听从了鲁王政权侍郎冯京第的建议，派他的胞弟黄孝卿与冯京第出使日本，前去借兵。但他们一到日本，就成了官妓院的常客，完全忘记了自己的使命。而日本由于承平日久，不见兵革之事，不愿派兵渡海作战。其结果，黄孝卿和冯京第只借得数十万贯钱，于次年回到了舟山。

顺治三年（1646）十月二十日清廷制定了皇帝行幸迎送礼仪：凡皇帝经过地方，文官知县以上、武官游击以上，于本境道右百步外跪迎送；地方官百里内者来朝，百里外者免。

顺治三年（1646）十月十四日，南明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥立明神宗之孙、桂王朱由榔监国于肇庆，以明年为永历元年。十一月十八日，桂王朱由榔正式继位于肇庆，是为永历王朝。这是南明最后一个，也是维持时间最久（达十五年）的王朝。永历王朝实质上是一个西南地主阶级抗清派和李自成、张献忠农民军余部合作抗清的政权。永历帝是一个懦弱寡断、昏庸腐朽、苟且偷安、贪生怕死的人，从一开始就颠沛流离，到处奔跑，没有过一天安稳日子。自顺治四年初清军进入广州，他慌忙从肇庆逃往梧州，接着又先后逃往桂林、全州、柳州、昆明，最后从昆明逃到缅甸。但是，由于南明将领何腾蛟、瞿式耜先后联合郝摇旗、李锦、李定国等领导的农民军余部，进行抗清斗争，两度声势很盛，出现了两次抗清高潮，给清军以沉重的打击，永历王朝曾控制了广东、广西、湖南、江西、四川、云南、贵州七省。永历王朝内部派系复杂，纷争不息；统治集团和农民军领袖间也矛盾重重；农民军内部由于孙可望叛变投清，陷于四分五裂，这就为清兵进军西南创立了条件。顺治十六年闰三月，永历帝在吴三桂率领的清军节节进逼下，仓皇逃往缅甸。

顺治三年（1646）五月十七日，清廷以“将谋不轨”的罪名处死了降清的潞王朱常淓及被俘的弘光这。朱常淓，号敬一，明神宗亲侄，隆庆五年（1571）被封为潞王。顺治元年五月，弘光小朝廷建立后，潞王住居杭州。次年六月初八日，弘光朝廷被清军推翻的消息传开后，马士英和东林党人黄道周拥立潞王在杭州监国。但潞王是个花花公子，政治上无所作为，监国三天即派人向清军求和，企图以割让江南四郡换取清廷不进兵的诺言。十三日，他在清军在节节进逼下开门迎降，不久被带到北京“恩养”。顺治三年，清廷见抗清力量屡剿不绝，反而以复明为号召风靡各地，决定将弘光帝和潞王等处死。五月十七日，清廷以京师纷传故明诸王私匿印信，“谋为不轨”为借口，搜查潞王住处，果然查出潞王、荆王、衡王世子金、玉、银印，于是将潞王及被囚禁的弘光帝等十一位明朝王爷处决。

顺治三年（1646）五月初五日，清廷颁布了严惩隐匿逃人律。清廷入关之后，因数万奴仆逃亡，成为严重的社会问题。此等逃亡之人，称为逃人。清廷为维护满洲贵族和八旗利益，颁布了严惩隐匿逃人律，主要内容是：隐匿逃人（即窝主）不行举首，或被旁人讦告，或被地方官察出，即将窝主及邻佑九家、甲长、乡约人等，提送刑部勘问，一旦情况属实，将逃人鞭一百，归还原主。窝主从重治罪，其家资无多者，继给失主；家资丰厚者，或全给、半给，请旨定夺处分。首告之人，将窝主家资三分之一赏给，但不能超过百两银。对于本犯之邻佑九家、甲长、乡约均各鞭一百，流徙边远之地。如地方官未能察出窝主，即按怠忽稽察罪降调使用。如窝主自行出首，罪止逃人，余俱无罪。如邻佑、甲长、乡约举首，也将窝主的家资赏给三分之一。七月又规定：逃人自归者，窝逃之人及两邻佑流徙，甲长并另七家之人各鞭五十，该管官及乡约俱可免罪。

顺治三年（1646）三月十七日，清廷批准了吏部右侍郎金之俊的奏请，决定变通明朝进士授官制，使得“政体人情，俱得其平”。其具体措施如下：新过士除一甲外，二甲前五十名选部属，后二十名选评博中行；三甲前十名选评博中行，十一名至二十名选知州，二十一名至七十名选推官，其余尽数选为知县。

顺治三年（1646）正月十三日，摄政王多尔衮集诸臣在午门议定固山额真谭泰擅隐谕旨罪。早在顺治帝即位过程，多尔衮就千方百计庇护、拉拢谭泰，谭泰也竭力阿附多尔衮兄弟。顺治元年冬，谭泰随多尔衮胞兄、英亲王阿济格西征时，两人擅自绕道至鄂尔多斯、土默特，索取马匹。阿济格还胁令宣府巡抚李鉴释免因贪酷不法而被逮问的钦犯朱寿鏊，特别是不把顺治帝看在眼里，蔑称为“孺子”。顺治二年（1645）八月二十八日，诏令谭泰会同镶黄旗护军统领鳌拜聚集百官，宣布阿济格罪状。但谭泰竟擅隐谕旨，也不“集众传示”，被削去公爵，解固山额真任。不久谭泰因与其岳父、固山额真阿山私遣巫者与人治病，被告发。护军统领图赖和鳌拜共议谭泰罪行，并转奏多尔衮。多尔衮亲自在午门聚百官复勘，但耽延三日，迟疑不议定谭泰罪。图赖厉声质问多尔衮：为何三日不议罪？多尔衮恼羞成怒，反斥图赖态度粗暴，举止狂妄。而当诸王要议图赖罪时，多尔衮又装出宽容的样子，赦免了图赖。最后，谭泰也由众议斩首罪改为监禁。

顺治三年（1646）六月十一日，吏科给事中林起龙上《请速禁异端讹言疏》。他指出：入清后，兴盛于明代的各种民间教派，如白莲、大乘、混元、无为等峰起。它们聚众招群，以烧香礼忏秘密联络，“煽惑人心”，有的则与农民军结合在一起，成为抗清的重要军事。如不加严行禁止，必将导致政局不稳。清统治者对林起龙的建言十分重视，立即命都察院、五城御史、巡捕衙门及各省督抚、按察使等官：如遇各色教门，即行严捕，处以重罪，做为防微杜渐之计。从此，清廷开始了对“邪教”十分严酷的镇压。

顺治三年（1646）正月十二日夜，江宁（今南京）城内百姓与城外义军里应外合，突然围攻江宁，清军急忙调兵镇压，为首者三十余人被杀。十八日，明潞安王朱谊石、瑞昌王朱谊泐又与义军联合，聚众二万人分三路进攻江宁，由于清军早有准备，这支抗清队伍很快失败。