顺治六年（1649）七月，大顺农民军统帅、南明兴国公李过病逝。李过，又名锦，李自成之侄，少从自成起义，反对明朝的腐败统治。大顺政权建立，他受封毫候，为大顺军主要将领之一。李自成牺牲后，他率大顺军和明将何腾蛟、瞿式耜联合抗清，所部被称为忠贞营。隆武政权建立后，隆武帝赐其名为赤心，封为兴国公。李过在抗清斗争中英勇不屈。清统治者在顺治二年一年中“招抚”他六次，结果“人信不还”，表达了坚定的抗清决心。他率领的大顺军和明军精诚合作，多次打败清军，有力地支持了南明各政权。李过因病去世后，大顺军由高一功率领，继续进行抗清斗争。

顺治七年十二月，英王阿济格乘摄政王多尔衮病死之机，欲谋乱夺政失败。阿济格是清太祖努尔哈赤第十二子，骁勇善战，在戎马生涯中度过了自己的一生，成为清朝著名的开国功臣。顺治七年冬，多尔衮率阿济格等往边外围猎，年底，多尔衮病危，自知不起，独自召阿济格秘密议论后事。多尔衮死后，阿济格欲当摄政王，暗中派人往召其子劳亲，令劳亲多率兵来，并嘱劳亲不要把多尔衮病死及调兵事告之诸王。与此同时，他又胁迫多尔衮所管两白旗大臣附己，遭到拒绝后又以兵戎相威胁。于是，两白旗大臣决定往“依皇上为生”，并向郑亲王济尔哈朗告发阿济格乘丧欲谋乱夺政。跟随多尔衮围猎的大学士刚林早已察觉阿济格的意图，抢先独自“策马行”，日夜疾驰七百里抵达京师，告发此事。清廷立即关闭九门，在阿济格回京的必经之路德胜门外派驻重兵，以防不测。不久，多尔衮柩车还京，行至石门时，阿济格与其子劳亲合军，令部下大张旗帜，环丧车而行。顺治帝亲率诸王、大臣迎柩车于德胜门外，阿济格父子居首而坐。济尔哈朗等见阿济格身带佩刀，举动叵测，派兵紧密监视，并将其随从三百骑尽收诛之，从而粉碎了阿济格的兵变计划，避免了一场可能发生的动乱。（1651）十二月二十六日，议政王大臣会议阿济格罪，将其幽禁，其子劳亲被革去王爵，降为贝子。阿济格在幽禁期间，不仅没有一丝收敛，反而益加狂暴无礼，在监房内私藏大刀，暗掘地道，声称要放火烧毁监房。顺治八年十月十六日，诸王以阿济格悖乱已极，留之恐贻后患，应立即处死。奏入，顺治帝令其自尽。

顺治七年（1650），清定出王以下园田数目：亲王八所，郡王五所，贝勒四所，贝子三所，公二所，每所有田一百八十亩。将军给田具体数目眯：镇国将军二百四十亩，辅国将军一百八十亩，奉国将军一百二十亩，奉恩将军六十亩。凡给过园地的王、将军停止供应其家口粮米。清廷还制定了公主、郡主及驻防官兵、壮丁的具体应得田亩数目。

顺治七年（1650）十月，瞿式耜在广西桂林被清军执杀。瞿式耜，字起田，号稼轩，常熟人，崇祯时为给事中，南明弘光政权时任广西巡抚。永历政权建立后，他在十分困难的形势下竭诚拥护永历帝，奠都桂林，力图重兴明朝大业。然而，永历帝从无大志，昏昏然苟安于一时，一听到风声紧急就仓皇逃窜，拒绝了瞿式耜的多次规劝。加之永历王朝由于内部党争激烈，置抗清大局于不顾，一味并吞异己，逼走大顺农民军，更加削弱了自己的力量。顺治七年十月中旬，清定南王孔有德率军逼迫桂林，督师瞿式耜急令南明军赵印选出师，但赵部却离城逃遁，其余各部也争先奔窜，桂林空无一兵。时总督张同敝回城商议对策，瞿式耜坚定地表示：“城存与存，城亡与亡”，使张同敝深受感动。于是两人冠带，张灯备酒对坐大堂。十一月初五日黎明，清军入城，将二人抓获。孔有德百般劝降，终无一获，最后在独秀山下将瞿式耜、张同敝杀害。

顺治七年（1650）七月，郑成功在厦门建立抗清基地。郑成功，原名森，字大木，郑芝龙子。年少聪颖，颇得隆武帝的赏识，赐姓朱，改名成功，因此被称为“国姓爷”。郑芝龙降清，成功苦谏不听，于是在广东南粤招兵买马，打出“背父救国”的旗号，组织抗清义军。顺治四年正月，郑成功自南粤募兵返回福建安平，会故臣将吏设明太祖帝位，矢盟恢复大明江山。他自称“招讨大将军罪臣”，设官分领各军，闽中旧将“多归心”，势力日渐强大。永历称帝后，郑成功又奉永历年号，先后被封为威远候、延平候。自顺治四年至七年（1647－1650），他率领海上义军，连破福建的同安、海澄、漳浦、泉州及闽南沿海一带地方，进据金门、厦门。郑成功把厦门改名为思明州，成为抗清的政治中心和基地。他在厦门设立“六官”分理庶政，遣官在各地征集粮饷和兵器，分其军为左、右、前、后、中五军，自领中军。此后，金、厦地区的社会秩序相对安定，社会经济也得到一定程度的发展。抗清义军不断壮大，势力扩大到广东的潮州、潮阳、惠来、揭阳一带。

顺治八年（1651）六月二十七日，顺治帝批准了礼部议定的八旗科举例，主要内容是：凡遇应考年分，内院同礼部考取满洲生员一百二十名、蒙古生员六十名；顺天学政考取汉军生员一百二十名；乡试取中满洲五十名、蒙古二十名、汉军五十名，各衙门无顶戴笔帖式亦准应试；会试取中满洲二十五名、蒙古十名、汉军二十五名，各衙门他赤哈哈番、笔帖式的哈番俱准予应试。满洲、蒙古识汉字者，翻译汉字文一篇；不识汉字者作清字文一篇，汉军文章篇数如汉人例。

顺治八年（1651）四月初六日，清廷制定了各直省乡试差员的条例，其中规定：各省正副主考官，分别以翰林、给事中、光禄寺少卿、六部司官、行人、中书评事等选任；各部衙门均应慎选倍送，由吏部拟定正陪，疏请皇帝任命，但已充任会试房考、乡试主考官不得重送。同时又规定，房考官，顺天由吏礼二部选用，各省由巡按御史选用。

顺治八年（1651）五月十五日，顺治帝批准了兵部会同内院的奏请：有功汉人大小世袭武职，俱以銮仪卫外卫所用，照新入八旗官员例，给与世袭敕书，酌定汉名品级。其中规定：凡精奇尼哈番一等称銮仪卫都指挥使，正一品；二等称副使，三等称同知，均为从一品。阿思哈尼哈番分别为外卫都指挥使、副使、正副同知，正从三品。拜他喇布勒哈番分别为外卫指挥佥事，正从四品。拖沙勒哈番为外卫千总正五品。

顺治八年（1651）四月初六日，清廷制定了行军律例。其中规定：凡亲王、郡王、贝勒、贝子、公等临阵，如七旗退走，一旗迎敌，将退走七旗下七牛录给予迎敌者；如七旗迎敌，一旗退走，即将此旗所属人员分给七旗；如一旗内战走者各半，将退走者所属人员给予力战者。凡是临阵对敌，必要整齐队伍，各按所属讯地从容前进，如违例或单独后退者，或处死籍没，或革职鞭责折赎。队伍起营时，各旗均要按牛录旗纛整队而行，如有妄自往来行走及酗酒者责治之，如有失火者斩。后又告诫兵将，行军打仗以绥辑地方、安抚百姓为主，不得肆行抢掠，妄杀百姓，抗拒者剿戮，归顺者收养。

顺治八年（1651）三月十九日，清廷制定了亲王、郡王、贝勒等进皇宫前下马条例。其中规定：和硕亲王于午门前下马，多罗郡王于午门角楼前下马，多罗贝勒以下俱于阙门下马牌处下马。