光绪二十九年（1903）闰五月，因钦定学堂章程很不完善，清政府命张之洞同张百熙、荣庆重新厘定学堂章程。光绪二十九年（1904）十一月二十六日，张百熙、荣庆、张之洞复奏重订学堂章程。重定的章程规定：“立学宗旨，无论何等学堂，均以忠孝为本，以中国经史之学为基”，“而后以西学瀹其知识，练其艺能，务期他日成才，各适实用”。重订章程包括各类学堂的章程及译学馆、进士馆章程。另附有学务纲要、各学堂管理通则、各学堂考试章程、奖励章程等，是一份更全面的教育体系及管理的规定。清政府于当日即颁布该章程，谕即次第推行。该章程遂被称为《奏定学堂章程》，亦称为“癸卯学制”。

光绪二十九年（1903）六月，孙中山与日本军事学家日野熊藏结交，常在一起研究布尔人抗英的游击战术，认为“此法最适用于揭竿起事之中国革命军”。当时，一些留日学生经拒俄运动，萌发学习军事的要求和愿望，孙中山遂于东京青山练兵场附近，秘密创建一所革命军事学校。学校以日野熊藏为校长，聘请日本退役军官小室健次郎为助教，传授军事知识及枪炮火药制造方法，尤其注重讲授布尔散兵战术及以寡敌众的夜袭法。入校学习者有十四人，由孙中山主持宣誓仪式，誓词为“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。后孙中山离开日本，该校因内部纠纷，不及半载即停办。

光绪二十九年（1903）四月初，发起组织拒俄义勇队的秦毓鎏、黄兴等决定，将学生军改为军国民教育会。他们在《发起军国民教育会意见书》中指出：“俄拒东三省，各国必与之争，争必出于战，无论孰胜孰败，吾之大地终非吾有矣。……东三省亡，而吾之土地皆随东三省俱亡矣。”因此必须建立军事组织，反对俄国侵略。而清政府是拒俄之阻力，故“必先除阻力”，进行反清革命，“事成为独立之国民，不成则为独立之鬼雄”。四月十日，原学生部分成员集合于东京锦辉馆，决定成立军民教育会，推谢晓石为临时议长，议决《军国民教育会规则》。该会以“养成尚武精神，实行民族主义”为宗旨，提出鼓吹、起义、暗杀三种革命方法。军国民教育会初成立时，会员共计有二百余人，多数为华南、华中、沿海地区的留日星。主要活动为学习射击、学造炸弹、进行革命宣传、策动起义、该会成立后，即分派会员（称为“运动员”）回国积极展开反清革命渗透压以。清政府得讯后，曾密令地方官吏对回国留学生进行镇压，要求“随时获得，就地正法”。这一反动措施，激起更多的知识分子投入反清斗争。同年，上海爱国学社也组成军国民教育会。

光绪二十九年（1903）四月初一日，在上海的江苏等十八省商学各界、爱国人士，汇集到张园，召开拒俄大会。与会者齐声谴责俄国对我国东北的“并吞”政策，并指斥清政府的亲俄外交“昏昧狂惑”。会议致电清外交部，表示全国人民对俄国的七项无理要求“万难承认”。会议还通电各国，申明即使清政府承认七项密约，“我全国国民万不承认”。爱国学社、育才学堂、爱国女学及务本女学学生也参加了集会。四月初四日，北京京师大学学堂学生也举行集会，“疏争俄约”。稍后，湖北、安徽、直隶、江西、浙江、广东等地及日本留学生亦举行了类似的集会抗议，从此拉开了声势浩大的拒俄运动的序幕。

光绪三十年（1904）三月十一日，由商务印书馆编辑的《东方杂志》创刊。《东方杂志》初为月刊，后改为半月刊。该刊设输旨、社说、内务、军事、外交、实业、教育、宗教、文件、记载、调查、附录、小说等栏目。初期的主要编辑者有著名的明清史学家徐珂、孟森，《亚泉杂志》创办者杜亚泉。该刊是一种文摘剪报性质的刊物，各栏刊出的文字多数是从当时国内外报刊上剪辑来的，只有很少部分是直接从作者那时组来或自己撰写的。该刊的记载专栏分中国大事记、世界大事记、中国时事汇录、世界时事汇录等类门，连续而详细地辑录了国内外政治、经济、文化等方面的重大事件，如徐锡麟刺杀恩铭、长沙抢米风潮、莱阳抗捐等，查考翻检十分方便。赞赏和推动实行宪政，是该刊的政治倾向。

光绪三十年（1904）七月二十八日，统帅英军入侵西藏的荣赫鹏，逼迫西藏哲蚌、色拉、噶尔丹三大寺的寺长罗生戛尔曾等人在拉萨签订了《拉萨条约》。该条约共十款，主要内容为：开放江孜、噶大克、亚东为商埠，江孜、拉萨通道上的炮台山寨一律削平；向英国赔款五十万英镑。其中第九款规定：除非得英国同意，西藏地方土地不得出让予外国，西藏地方一切事宜不准外国干涉，不准外国在西藏地方取得铁路、电讯、矿业等权利。条约送北京，清政府拒不签字，并电令驻藏大臣有泰改约，但英方代表荣赫鹏不予理睬。光绪三十一年（1905），清政府又派唐绍仪、张荫棠等赴印度再同英方谈判。英国代表要唐在《拉萨条约》上签字，唐指出英国与西藏定经无效，应与中国政府重新定约，并拟定约稿，将《拉萨条约》第九款全部删除，加“英国无有侵占西藏之意”等语。英方接受重新议约原则，但力图否认中国对西藏地方的主权，并制造宗主权谬论。唐绍仪对此据理驳斥，坚持中国对西藏的主权不容侵犯。谈判由僵持而最后停顿。至光绪三十二年（1906），中英在北京重开谈判。四月四日，签定《中英续增藏印条约》，把《拉萨条约》作为附约。约中规定“英国国家应允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦应允不准他外国干涉藏境及其一切政治。”对于《拉萨条约》第九款的内容，该条约中规定：“除中国独能享受外，不许他国国家及他国人享受。”

光绪三十年（1904）五月初八日，清政府特赦戊戌变法案所涉人员，宣布除康有为、梁启超外，戊戌变法案内其他人员均被宽免。已革职者，开复原衔，通缉监禁及交地方管束者，一律开释。

光绪二十九年（1904）十二月二十一日，日本海军中将东乡根据统帅部的决定，下令攻击停泊在旅顺和仁川的俄国舰只。十二月二十三日，日本联合舰队分三路出发，一队十艘开往旅顺，一队八艘开往大连，舰队主力开往长山岛。当天下午四时左右，日本海军向驻守仁川的俄国军舰开火（翌日击毁两艘俄舰）。当天夜间，驶到旅顺的日舰向停泊在此的俄国舰队发动突袭，击毁三艘俄舰。二十四日，沙俄对日宣战，二十五日，日本对俄正式宣战。清政府外务部二十七日宣布：日俄开战，中国严守局外中立，并将辽河以东地区划为“交战区”。

华兴会正式成立后，黄兴、刘揆一等立即密谋发动武装起义，商定于光绪三十年（1904）十月初十日，慈禧太后寿辰，将炸弹安放在湖南省城官员贺寿之处，以炸弹引发为起义信号。长沙的起义以武备学堂的华兴会会员和地方军队中倾向革命的士兵为主。萍乡、浏阳、醴陵一带，准备说服当地哥老会首领马福益响应。并派陈天华前往江西说服防营统领服膺革命；在武昌建立华兴会支部的胡瑛、宋教仁负责运动当地新军；章士钊、杨守仁到上海策应联络；还派两人到四川联系会党。形成湖南首义，四处响应的起义计划。不久，黄兴、刘揆一乘夜踏雪赴湘潭矿山，与当地哥老会首领马福益喝酒畅谈，使马福益接受华兴会领导。但起义未发而消息泄露。黄兴在友人帮助下，辗转逃往日本。马福益改名陈右衡逃往广西，随后返回湘西洪江隐匿，其会众交游得胜、萧子金统率。马到湘西后，与黄兴时通信息，互相联络，准备以洪江为根据地，再次组织发动起义。马遂潜往安源联络矿工加入起义。光绪三十一年（1905）春，马福益不幸在湘乡境内被清军逮捕，三月初八日，在长沙被害。

光绪三十年（1904）初，日俄为争夺中国，在中国境内挑起日俄战争。京师大学堂学生丁开嶂，基于对列强侵略和清政府的愤慨，与同学张榕等赴东北朝廷抗俄和反清活动。到东北后，丁开嶂在奉天组织抗俄铁血会，发布檄文，声讨俄国侵略中国的罪行。檄文宣称其宗旨在于“纠合海内外学生将弁及直、奉、吉、黑四省之绿林领袖”，“大败俄罗斯于东清而后止”。入会者半为学界志士半为绿林会党。同年，丁开嶂在兴京一带组成义军，与俄军交战“二十余次”。日俄和约签订后，该会遂告解散。