嘉庆四年（1799）正月初八日，嘉庆帝颁布谕旨，革大学士和珅职，下狱治罪；十五日，诏宣和珅罪状。和珅，字致斋，满洲正红旗人。乾隆朝中叶为文生员，袭三等轻车都尉职；后得乾隆帝宠爱，擢御前侍卫，晋升军机大臣兼步军统领，官领侍卫内大臣兼理藩院尚书事，又调吏部尚书，协办大学士并管理户部。他操柄权政，作威作福，积怨朝野。嘉庆帝即位前即知其奸，即位后，以乾隆太上皇帝在，不便处理。乾隆太上皇帝死，和珅失去依靠，嘉庆帝开始对他进行惩治。嘉庆帝宣布和珅有二十大罪，即：以拥戴自居；骑马直进圆明园左门，过正大光明殿，至寿山口；乘椅轿入大内，肩舆直入神武门；妄将出宫女子，娶为次妻；于各路军报任意延搁，有心欺蔽；皇考圣躬不豫，毫无忧戚之情，谈笑如常；皇考力疾批答奏章，字迹间有未真，胆敢口称不如撕去另拟；兼管户部报销，竟一人把持，变更成例；上年奎舒奏循化、贵德二厅番众二千余，抢劫达赖喇嘛商人牛只，肆劫青海，竟驳回原折，隐匿不办；皇考升遐后，谕旨令蒙古王公未出痘者不必来京，擅令已、未出痘者俱不必来京；大学士苏凌阿重听衰迈，因与其弟和琳结亲，隐匿不奏，侍郎吴省兰等在其家教读，保列卿阶；军机处记名人员，任意撤去，种种专擅，不可枚举；所抄家产，楠木房屋奢侈逾制，多宝阁等仿照宁寿宫制度，园寓点缀与圆明园蓬岛瑶屿无异；蓟州坟茔设享殿，置隧道，百姓称“和陵”；所藏珍珠手患二万六千余两，私库藏金六千余两，地窖内埋银三百余万两；通州、蓟州当铺，钱店资本十余万，以首辅大臣，与小民争利；家奴刘全家产至二十余万，并有大珍珠手串。十八日，嘉庆帝令和珅在狱中自尽。死前，和珅写了一首诗，其中说道：“月色明如许，嗟余困不伸。百年原是梦，卅载枉劳神。”

嘉庆四年（1799）正月初三日，乾隆太上皇帝病死，享年八十九岁。嘉庆元年正月，乾隆帝举行内禅礼以后，即把皇位传与嘉庆帝，而以太上皇帝训政。实际上，乾隆帝仍然掌握朝廷大权，许多活动都是以他为中心举行的。嘉庆二年正月初一日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝到奉先殿行礼；又御太和殿，率王以下文武大臣官员，蒙古王公台吉，及外藩使臣行庆贺礼，礼成，太上皇帝还宫；又侍太上皇帝到寿皇殿行礼；还侍太上皇帝到乾清宫，赐皇子亲藩等宴。初三日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝御重华宫，茶宴廷臣及内廷翰林，以平定苗疆联句。初十日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝御紫光阁，赐蒙古王、贝勒、贝子、公、额驸、台吉，及回部郡王、外藩使臣等宴，赏赍有差。十一日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝前往圆明园。十四日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝御奉三无私殿，赐皇子亲藩等宴；御山高水长，赐王公、大臣、蒙古王、贝勒、贝子、公、额驸、台吉，及外藩使臣等食，直到十六日均如此。十五日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝御正大光明殿，赐朝正外藩等宴。十六日，嘉庆帝侍乾隆太上皇帝御正大光明殿，赐大学士、尚书等宴。以上只是正月里的部分活动，其他月份的活动还有很多；嘉庆三年正月里的活动也大致如此。由此可见，乾隆太上皇帝未死前，确实还掌握着朝廷大权。乾隆太上皇帝的驾崩是比较突然的。嘉庆四年正月初一日，嘉庆帝还奉乾隆太上皇帝御乾清宫，率王以下文武大臣官员，蒙古王公、额驸、台吉，及外藩使臣，行庆贺礼；又侍太上皇帝御乾清宫，赐皇子亲藩等宴。初二日，乾隆太上皇帝感到身体不适，嘉庆帝在养心殿侍候，不离左右；这天晚上，乾隆太上皇帝病情加重。初三日辰刻，乾隆太上皇帝驾崩于养心殿。乾隆太上皇帝死后，清政府举行了隆重的祭葬礼，谥号纯皇帝，庙号高宗，当年九月十五日葬于裕陵（清东陵）。乾隆太上皇帝死后，嘉庆帝才开始亲政。

嘉庆四年（1799）三月初十日，四川白莲教军首领冷天禄壮烈牺牲。冷天禄，四川东乡人，原在邑务农。嘉庆元年九月，他和王三槐等人一起领导四川东乡白莲教徒起义，势力日益发展壮大。嘉庆三年八月，王三槐被俘死后，冷天禄为大元帅，率众转战于川东南充、广安、定远等地。嘉庆四年三月初十日，他率领白莲教军三四千人，行至顺庆府广安州（今四川广安）城头堰地方，遭到额勒登堡统领的清军抄截。额勒登堡先派刘君辅举兵将冷天禄引诱，又派总兵杨遇春、总兵衔穆克登布各为一路，于左右山沟绕山密抄。冷天禄当时有些麻痹轻敌，大军向前进攻，他自率八百人断后。杨遇春等人争功心切，冒雨进军。冷天禄军陷入包围。尽管冷天禄手舞蛇矛，率众奋勇突围，无奈清军围困多重，冲不出去。激战中，冷天禄额部中箭，翻身落马，又中乱矛，力竭身死。冷天禄牺牲，四川东乡白莲教义军失去指挥。第二天，起义军大部队正乘船渡石笋河，清军次杨芳率兵赶到，乘义军半渡之际，突出攻击。白莲教义军大败，五艘渡船倾覆，损失惨重。

嘉庆五年（1800）二月二十四日，在马蹄冈战役中，冉天元转胜为败，不幸战死。高院场战斗之后，为了接应进入甘肃的义军，冉天元率大队北上梓潼、敛州（今剑阁）。清政府急令德楞泰自陕西回师，屯兵广元阻挡。嘉庆五年二月二十四日，德楞泰兵至马蹄冈，见白莲教军分据九个山包，排列整齐，严阵以待。他便督兵抢占黄茅岭。白莲教军遂兵分四路，每路有马兵四五百，步兵二三千，直扑下山。德楞泰也兵分四路，自领侍卫阿那保等为一路，持刀砍杀。冉天元在火石垭设伏兵万人，德楞泰被诱陷伏。清军主力进入伏击圈后，白莲教军战士猝然并起，用湿棉絮裹毛竹牌抵挡清军的弓箭火炮、轮番向前冲杀。清军被层层围困，饥渴疲劳，数路皆败。清军统帅德楞泰仅率数十亲兵，下马据山岭，以为必死。冉天元身穿蟒袍，其弟天恒草帽插花翎，带众登山，径取德楞泰。在此关键时刻，地主团练头目都司罗思举，急令兵士取石块乱击。一时间雨石纷纷，白莲教军没有防备，均弃竹牌后退，拥塞道路。这期间，冉天元坐骑中箭，跌入山涧，不幸被俘遇害，冉天恒也中箭牺牲。白莲教军失去指挥，溃不成军，乃转胜为败。马蹄冈战役后，四川白莲教军尚有万余人，他们在冉天泗、王士虎等统领下，抢渡潼河，继续和清军战斗，并一次又一次打败清军。

嘉庆五年（1800）正月二十九日，四川白莲教军首领冉天元战死清军总兵朱射斗，取得重大胜利。冉天元是四川白莲教军通江蓝号冉文俦的侄子，冉文俦牺牲后，通江蓝号义军便由冉天元率领。冉天元英勇善战，尤其会用伏兵。嘉庆五年正月十五日，冉天元乘清军大队人马赴陕甘作战、川境空虚之机，联合各路义军巧渡嘉陵江，顺利进入川西，进攻蓬溪县城。清朝统治者对此感到极为震惊，认为这是多年来所没有的事情。四川总督魁伦因此被革职留任。当起义军进抵蓬溪县的高院场时，恰与赶来征剿的清军总兵朱射斗部相遇，双方展开激烈搏斗。冉天元率数千义军踞山下扑，山坳伏军突出云合，将朱射斗军围困数重。朱射斗寡不敌众，遇坎落马，被白莲教义军战士斩于阵前。朱射斗以下清军参将罗定国、参领额森保、骁骑校萨英阿竺多人，也被义军斩杀。高院场激战清兵大败，嘉庆帝闻讯十分恼怒，赐令署四川总督魁伦自尽，成都将军阿迪斯遣戍伊犁，四川提督七十五逮京治罪。

嘉庆五年（1800）八月，高天升、马学礼等领导的陕西白莲教军，在西乡县法宝山地方重创清军，击毙清军提督王文雄。嘉庆五年初，清军统帅额勒登保亲自出马，调集各路清军，分头围剿陕西白莲教军。四月，白莲教军被逼至渭水以南，高天升、马学礼部南下文县。五月，为声援川西白莲教军的战斗，高天升、马学礼部打下四川龙安，分兵袭击松潘一带，川西震动。六月，陕西白莲教军夜袭陕甘总督长麟营盘，袭劫提督定柱营帐，战死原任将军富成、总兵扎尔杭阿。清军固原提督王文雄率兵追击白莲教军。当时高天升、马学礼等统率白莲教军进入陕西西乡县堰口，屯驻法宝山。王文雄分兵三路进攻。白莲教军从坳中突出一支截敌后，又从山上间道扑出一支袭其侧，其余全部出动。把王文雄团团围住。白莲教军逐渐缩小包围圈，矢如雨注，刀矛交击。王文雄心腹受矛伤十余处，并被折断左臂，当场毙命。此外，清军官兵乡勇受伤阵亡者不计其数。

嘉庆六年（1801），著名历史学家章学诚因病去世，终年六十四岁。章学诚，字实斋，号少岩，浙江会稽（今绍兴）人。四十一岁时才中进士。他曾主持定州定武书院，保定莲池书院，归德文正书院。主编有《湖北通志》。协修《续资治通鉴》。他用几十年时间写成《文史通义》。在这部书中，他从古代典籍、州郡方志、金石图谱、诗文歌谣、官府簿牍、家谱传状等各方面搜取了大量资料，给后人启示了广途，开拓了眼界。他还在这部书中明辨了史书编述工作中的不同功用，即有著述，有比类。著述是根据原始史料加以润色溶铸，成为有义例有条贯的专门写作，此类是未经整理的原始史料。这两种工作缺一不可。此类替著述准备了丰富的材料，提供了有利条件。此外，在这部书中，章学诚提高了方志在史学中的地位，具体指出了方志应该具有的实际内容和写作规格。《文史通义》是一部重要的史学理论著作。除《文史通义》外，章学诚还写有《校雠通义》、《方志略例》等。

嘉庆六年（1801），清政府重申严禁采矿政策。三月初八日，就军机大臣议驳保宁等奏请开采金砂一折，嘉庆帝谕示内阁：塔尔巴哈台所属各处金矿，在乾隆年间就禁止采挖，实力遵行，恐怕还难免有偷挖之弊，如果官为开采，必要召集多人，奸良不辨，而且甘、凉一带游民，也会纷纷到来。这些无籍百姓，聚集起来容易，遣散开来很难。对边疆地区影响太大。于是，嘉庆帝命保宁将产金处所严行封禁，勿令偷挖滋事。九月二十六日，就上年直隶总督胡季堂奏请在大名（今河北大名）地方开设铅厂，以及明安等奏大兴县民张士恒等呈请在承德府平泉州（今河北平泉县）属四道沟、云梯沟等处，自备工本，开采铜矿，嘉庆帝再一次颁谕旨，强调开矿之事断不可行。他说：开矿俱系无业游民，攒凑资本，互相邀集，趋利若鹜。傥已聚集多人，而矿藏渐竭，那时怎样把这些人遣散，难免不滋生事端。况且该地与蒙古山场相连，如果让蒙古人感到内地官民都是牟利之人，对国体影响极大。此外，现在户、工二部鼓铸用铜，照例由云南省起解运京，非常充裕，无须另筹开采。今后矿产洞口，要永远封禁，不准开采。地方官也应严加查察，不许再有私行偷挖事情发生。

嘉庆六年（1801），各地白莲教起义军处境艰危，日趋失利。这年五月，四川白莲教军首领徐天德等据守陕西白河县黄石坡，清军统帅德楞泰督兵围追。徐天德被迫东走西乡，又由西乡趋紫阳。清军固原提督赛冲阿逼于仁和新滩。当时暴雨水涨，情势急迫，徐天德在两河口因舟覆不幸溺死。九月，白莲教军重要首领尤绍周从四川太平攻入湖北竹溪，同清军西安将军赛冲阿激战失利，走陕西平利。二十七日，尤绍周在平利所属汝溪、盘龙山、岳家坪一带，与赛冲阿、温春所率五路清军冒雪激战，兵败阵亡。至嘉庆六年底，由于清政府采取剿抚并用、分兵合击、坚壁清野，结寨团练等政策，各地白莲教军相继失利，许多重要将领，例如高天升、张世陇、徐万富、王士虎、卜兴昂、王廷诏、冉天泗、赵志成、张允寿、张天伦、武怀志、王镇贤、徐天寿、王登高、郑三元等或战死，或被俘死。白莲教军虽然已陷入困境，但他们仍与强大的清军作殊死战斗。

嘉庆七年（1802）八月十一日，应蒙古亲王蕴端多尔济之请，嘉庆帝同意恢复蒙古会盟派大臣参加制度。会盟制度是清朝统治蒙古的一项重要措施。清政府规定，一旗或数旗合为一盟，在指定地点会盟。每盟设盟长一人，办理会盟事务。盟长由本盟内旗长中选任，报清朝理藩院请旨简放，由理藩院颁给印信。会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往。乾隆十六年（1751），乾隆帝以派大臣参加恐致扰累蒙古各部，便停派大臣参加会盟。这次清政府恢复了派大臣参加蒙古会盟制度，遂具体决定：漠北蒙古赛音诺颜、札萨克图汗二部在乌里雅苏台会盟，与定边左副将军一同办理；土谢图汗、车臣汗二部事务，在库伦会盟解决，与库伦办事大臣一同办理。会盟的主要任务是简稽军实，巡阅边防，清理刑名，编审丁册。简稽军实即察阅兵丁，包括修理器械，练习骑射等内容。巡阅边防即对乌里雅苏台、科布多等地以及清政府在蒙古族地区所设驼马牛羊牧厂的戍防。清理刑名即审理刑事诉讼案件。编审丁册即统计户口，编选壮丁。