乾隆六十年（1795）九、十月间，乾隆帝对封疆大吏的贪污不法行为，陆续给以严厉制裁。九月初八日，前闽浙总督富勒浑以在任期间，索取盐商等银五万五千两，被查抄家产，发往热河效力赎罪。初九日，雅德因在闽浙总督任内，索取盐商银四万五千两，被发往伊犁，自备资斧，效力赎罪。二十一日，前任黑龙江将军都尔嘉、明亮、舒亮，因在任内犯有侵渔貂皮等罪，分别被仗流、论绞和留乌鲁木齐效力。十月初九日，闽浙总督觉罗伍拉纳，在任内侵吞库银八万五千余两，收受盐规银十五万两，受厦门同知黄奠邦馈银九千二百余两，家有如意一百余两；福建巡抚浦霖婪索馈银，贪黩不法，家存银二十八万余两，金七百余两；按察使钱受椿在审案时，私向伍拉纳和浦霖抽换案卷，藐法徇情，三人俱被斩首。

乾隆六十年（1795）九月初三日，乾隆帝御勤政殿，召见皇子、皇孙及王公大臣等，宣示立皇十五子嘉亲王颙琰为皇太子，以明年建元嘉庆元年，届期归政。乾隆帝在谕示中说：朕即位之初，就曾表示在位六十年，即当传位嗣子，不敢上同皇祖纪元六十一载之数。他同时又强调：归政后，凡遇军国大事，及用人行政诸大端，岂能置之不问，仍当躬亲指教，嗣皇帝朝夕敬聆训谕，将来知所禀承，不致错失。

乾隆六十年（1795）正月十三日，石柳邓等领导湖南、贵州苗民发动反清起义。石柳邓是贵族松桃厅（今松桃苗族自治县）大寨人。乾隆五十九年十二月，他同湖南永绥厅（今花垣）黄瓜寨人石三保，相约于乾隆六十年正月十八日在两地同时发动起义，以“逐客民，复故土”相号召。由于起义消息被汉族地主杨芳侦知告密，石柳邓遂提前于十三日发动起义。十八日，石三保亦率众起义。几天后，凤凰厅（今湖南凤凰县）属吴陇登、吴半生，乾州厅属吴八月等纷起响应。二十九日，湘西苗民义军在鸦西寨大败官军，杀死镇筸镇（今湖南凤凰县南）总兵明安图、永绥副将伊萨那、同知彭凤尧，不久又攻下乾州城（今湖南吉首西南）。闰三月，石柳邓率义军南攻松桃，并以兵包围贵州镇远镇总兵珠隆阿于正大营城内。清朝总督福康安、提督花连布闻讯后率兵赶到，十八日解正大营围后，便放火烧山。二十六日，义军撤出松桃，石柳邓率师入湘西，与石三保在永绥黄瓜寨会师。黄瓜寨是湘黔苗民起义的重要根据地之一。石柳邓与石三保在黄瓜寨会师后，福康安与和琳等分别率川、滇、黔、湘清军尾追逼进黄瓜寨。四月，清军绕道进攻黄瓜山大梁，起义军采取“官有万兵，我有万山，其来我也，其去我来”战术，巧妙利用地形，避实就虚，东游西击，打击清军，还击败了护送粮饷的花连布军。后来，终因寡不敌众，石柳邓与石三保率领义军被迫转移，清军占领并火烧了黄瓜寨。石柳邓、石三保自黄瓜寨转移后，继续联络各部，集结力量，与清军进行斗争。他们地乾州平隆推举吴八月为王。福康安与和琳率清军分路围追起义军。吴半生在鸭保寨兵败后投降。在福康安“以苗攻苗”的策略下，吴陇登也归附清军。十一月，吴八月率领义军转战至臣盘寨，吴陇登伪装溃散，也混入臣盘寨。初三日，吴八月被吴陇登计俘，解至福康安军营后遭杀害。湘黔苗民起义遇到严重挫折。

嘉庆元年（1796）四月初一日，嘉庆帝谕示军机大臣，要调兵遣将，分路攻堵白莲教军。结果，陕甘总督宜绵、总兵百祥分攻郧县、郧西一带；乌鲁木齐都统永保、西安将军恒瑞分攻竹西、保康一带；湖广总督毕沅、杭州将军成德分攻当阳、远安一带；湖北巡抚惠龄和富志那分攻枝江、宜都一带；湖广提督鄂辉和彭之年分攻襄阳、均州一带；大学士署四川总督孙士毅督攻川、楚交界一带。嘉庆帝要求各路官兵分投掩捕，办一处必须肃清一处。不久，他又命拨库银二百万两，以备军需。

嘉庆元年（1796）正月初一日，乾隆帝御太和殿，正式把皇位传给嘉庆帝，自己称太上皇，实行训政。嘉庆帝名颙琰，是乾隆帝第十五子，生于乾隆二十五年（1760）十月初六日，母亲是孝仪恭顺纯皇后魏佳氏。嘉庆帝六岁开始读书，以兵部侍郎奉宽为师，十三岁通五经，向工部侍郎谢墉学今体诗，向侍讲学士朱珪学古文古体诗。他自幼深得乾隆帝，十四岁那年，乾隆帝认定他为继承人，按秘密建储法，把他的名字写上后，置于乾清宫正大光明匾后面。也是这一年，乾隆帝为他完成了大婚礼。嘉庆帝未即位前，喜读历史书籍，对上下三千年历朝治绩一目了然。乾隆五十四年（1789），他被封为嘉亲王。自此之后，每年东西陵春祀，坛庙祈祷，他都代表乾隆帝前往行礼。因此，虽然他的皇位继承人身份内定后并没有公开宣布，但是他一天比一天更受乾隆帝宠信。乾隆六十年（1795）九月初三日，在位六十年的乾隆帝终于在勤政殿，召见皇子、皇孙以及王公大臣等，宣示立皇十五子嘉亲王颙琰为皇太子，以明年为嗣皇帝嘉庆元年，届期归政。嘉庆帝即位这一天，礼仪十分隆重，乐部设中和韶乐于太和殿前檐下，丹陛大乐于太和门内，传位诏书、传位贺表一应具备。嘉庆帝即位的消息，由礼部、鸿胪寺官员在天安门城楼上向全国宣布，不过，由于乾隆帝还活着，作为太上皇训政，所以，嘉庆帝即位的前三年里，实际上不掌大权，只是个傀儡皇帝而已。

嘉庆元年（1796）十二月十七日，将军明亮奏报清政府，石柳邓中枪身亡，苗民起义受重创。石柳邓是贵州松桃厅（今松桃苗族自治县）大寨人。乾隆五十九年（1794）十二月，他同湖南永绥厅（今花垣）黄瓜寨人石三保，相约在乾隆六十年正月十八日在两地同时发动起义。由于起义消息泄露，石柳邓遂提前于十三日发动起义；十八日，石三保也率众起义。不久，凤凰厅（今湖南凤凰）属吴陇登、吴半生，乾州厅属吴八月等纷起响应。二十九日，起义军在鸦西寨大败官军，杀死清朝总兵明安图、永绥副将伊萨那、同知彭凤尧，攻下乾州城（今湖南吉首西南）。乾隆六十年闰三月二十六日，石柳邓率师入湘西，与石三保会师于永绥（今湖南花垣）黄瓜寨，在这里和清军展开激战后，转移到乾州平隆。嘉庆元年七月十八日，石三保军被清朝四川总督和琳击败，石三保被俘后，解至京师被害。石柳邓率领苗民起义军继续奋战，在平垅一带活动。九月，清军在当地汉族地主的协助下，大举进犯平垅。石柳邓率众展开了英勇的保卫战，一起坚持了三个月，击毙清将守备王泰和等人，给清军以重大杀伤。后来，清军由平陇后山贵鱼坡、大顶坡等处分路进攻，破木城，夺石卡，使苗民起义军陷于困难境地。起义军首领吴八月的八子吴廷礼、吴廷义被叛徒出卖，石柳邓在战斗中受伤后壮烈牺牲。清军攻陷了平陇，苗民起义遭受到重大挫折。

嘉庆元年（1796）九月十五日，徐天德与其徐天寿，以及王登廷等人在四川达州亭子铺率领白莲教徒起义。徐天德，四川达州（今达县）亭子铺人，世代务农，曾充当州役，后被斥革，遂习白莲教，传授教众。湖北白莲教徒发难以后，四川白莲教徒众也积极准备，欲起而响应。因此，徐天德起义后，群众纷纷参加抗清武装队伍，十几天时间，就组织起近万人的军队。徐天德称大都督，白莲教军都以白布缠头，竖立旗号。徐天德起义不久，东乡的白莲教首领王三槐、冷天禄、张子聪等，也聚众响应。于是，四川的白莲教起义逐呈波澜壮阔之势。陕西巡抚秦承恩屯兵兴安，四川总督英善，成都将军勤礼善率兵进剿，都慑于起义军的声威，畏缩不前。英善派中营游击尚维岳、左营游击范懋率二千人驻扎娘娘庙，令左营教司清福出东乡天星桥为犄角之势。徐天德领导白莲教军在亭子铺停留数日以后，便转屯麻柳场，乘清军不备，夜袭娘娘庙，打死了尚维岳、范懋、清福以及把总多名，清军全军覆没。然后，徐天德又率领白莲教军，扫荡了达州、东乡、太平、新宁、渠县、大竹等地的团寨乡勇武装。于是，白莲教首领黄富才、卿有义起事，徐天德便率起义军经太平进入陕西境内，分兵攻打兴安府的安康、平利、紫阳等县。在徐天德白莲教军率领下，陕西各地的白莲教也纷纷举起义旗。十二月二十九日，徐天德领导的白莲教军攻陷东乡城，杀死清朝总兵袁国璜、知县张宁阳等，声势大振。

嘉庆元年（1796）二月初二日，王聪儿等人率领白莲教徒在襄阳黄龙珰（今湖北襄樊东南）起义。王聪儿，又称齐王氏，湖北襄阳人。她自幼流落江湖，娴习骑射，貌美侠勇。其夫齐林是襄阳县总差役，又是白莲教襄阳地区总老师。齐林等原定于正月元宵节（十五日）起事，因密谋外汇，被捕杀，首级悬挂于城门，同时被捕杀者一百余人。齐林徒弟林启荣、张汉潮等要为齐林发丧复仇，便在二月初二日聚集白莲教徒几千人，推举王聪儿为总教师，在齐林故里襄阳黄龙珰起义。王聪儿时年二十岁，衣著尽白，非常有号召力。起事后，她率领白莲教军攻打襄阳城，未能攻下，又打樊城。这期间，同时起事的白莲教另一首领曾大寿违反军令，王聪儿下令将其斩首。于是，王聪儿领导的白莲教军纪律更加严明，活跃于湖北、河南边界地区。这期间，原来由齐林约好的白莲教起义四处发动。在荆州，有聂杰人、张正谟、刘宏绎、覃正潮起枝江，踞灌脑湾；在荆门，有熊道成、陈德本攻破了当阳县，占据了城池；在郧阳，则有曾士兴、曹海阳起竹山，并攻破竹山、保康。此外，还有杨子敖起耒阳，谭贵起旗鼓寨，楚金贵、鲁惟志起孝感，林之华、覃加耀起长阳。这些起义军与王聪儿领导的白莲教军相互呼应，声势日益浩大。

嘉庆二年（1797）七月初三日，毕沅病死于湖广总督任的消息上达清廷，嘉庆帝赠其太子太保，并赐祭葬。毕沅，字秋帆，又字纕蘅，自号灵岩山人，江苏镇洋（今太仓）人。乾隆二十五年（1760）一甲一名进士，授翰林院编修，继为翰林院侍讲，兼《大清一统志》及方略馆纂修。乾隆三十一年起，出京外任。先官陕西按察使，上奏甘肃干旱，免欠赋四百万。后任陕西巡抚，督垦田，浚水渠，收碑碣，储学宫，曾谏言陇右耕作与畜牧相兼，实为边土无穷之利。后来又任山东巡抚，奏蠲山东积欠四百八十七万，常平社仓粮五十万余石。他居官期间，先后镇压过回民、苗民以及白莲教起义。毕沅推崇司马光的《资治通鉴》。他居官于外几十年间，主持编纂了《续资治通鉴》，还延清学者编写了《传经表》、《湖北通志》、《史籍考》等。他还著有《关中胜迹图记》、《西安府志》、《关中金石记》、《中州金石记》、《山左金石记》、《灵岩山人诗集》、《灵岩山人文集》等，是清代著名的文史学家。

嘉庆二年（1797），著名历史学家王鸣盛病逝，终年七十六岁。王鸣盛，字凤喈，又字礼堂，自号西庄，晚年改号西纟止居士。江苏嘉定人，乾隆年间进士，为翰林院编修。官至内阁学士兼礼部侍郎，被弹劾降光禄寺卿。乾隆二十八年（1763），母丧告归，卜居苏州。他早年治经，宗郑康成学，撰有《尚书后案》及《周礼军赋说》。退官后专治史学，历二十年著成《十七史商榷》一百卷。晚年自编考证文字《蛾术编》一百卷。王鸣盛对于小学、金石学、目录学也都有研究。此外，他生性俭素，无声色玩好之误。