嘉庆十年（1805）四月，清政府明令禁止西洋人刻书传教。十八日，就御史蔡维钰奏严禁西洋人刻书传教一折，嘉庆帝谕示内阁：京师设立西洋堂，原为推算天文，参用西法，西洋人来京学艺居住用。近来各堂西洋人，常与内地百姓往来讲习，并有刊刻书籍，私自流传等事。他们在本国习俗相沿，信奉天主教，自行讲论，立说成书，原所不禁。至于在我国内地，刊刻书籍，私与百姓传习，向来就有禁令。因奉行日久，未免懈弛，以致使好事之徒，创其异说，妄思传播，而愚民无知，容易被其迷惑，所以不可不申明旧例。今后管理西洋堂务大臣要留心稽察，如有西洋人私刊书籍，即行查出销毁，并随时谕告在京西洋人等，务必安心学艺，不得与内地百姓往来交结。三十日，就广东民人陈若望私代西洋人德天赐递送书信地图，并查出传教习教各犯，嘉庆帝再次谕示内阁，强调若不严行惩办，何以禁异说而杜歧趋？遂命将刊刻汉文经三十一种并向旗民传教的西洋人德天赐，送往热河圈禁；将为德天赐递送书信、地图的陈若望，在教堂讲道的汉军周炳德，民人会长刘朝栋等，发往伊犁给厄鲁特人人为奴；将充当会长的妇女陈杨氏，发往伊犁给兵丁为奴；将教堂存贮经卷及其刊刻板片，一律检查销毁。不久，清政府制定了稽查西洋教章程，明令禁止西洋人刻书传教。

嘉庆十年（1805）闰六月十一日，河北永平府属昌黎县发生地震。该县衙署、监狱、仓厂、墙垣都有倒塌；儒学祠庙墙垣倒数处；近城十里的五里铺、泗涧村、前后山庄、何家庄、八里庄等处，房屋墙壁，间段倒塌，并未伤人。地震时，在监人犯已经提出看守；仓谷盘量另贮。昌黎县知县何安澜前往四乡查看。地震后，直隶总督吴能光批饬何安澜速将监墙赶紧修筑坚固，安顿监犯；仓厂、衙署，自行酌量整理。吴熊光还飞饬在永平一带查工的通永道嚝楚贤，就近驰往履勘昌黎县被震村庄，如有实在无力贫民，量为抚恤。

嘉庆十一年（1806）五月二十九日，清政府处理私给民船执照案，有关人员受到惩罚。原来，宗室徒义等受船户田洪如等贿银四百两，私给民船执照，准其将船投充渔利各案，事情涉及到亲王、贝勒、额驸、领侍卫内大臣、都统多人。嘉庆帝闻讯后，命将宗室徒义革去奉国将军，圈禁二年；庄亲王绵课革去都统，退出内廷，不再署领侍卫内大臣；怡亲王奕勋以尚未管事，罚俸一年；贝勒绵律革去贝勒，责四十，圈禁二年；贝勒绵誉退出乾清门，罚俸二年；额驸索特纳木多布斋革去护军统领，罚俸一年；侍卫德昌、福珠、隆阿、舒忄闲等俱枷号三个月，期满后发往伊犁当差。不久，嘉庆帝又命将宗室绵传革去侍卫，当众责四十，发往盛京圈禁六年。

嘉庆十一年（1806）九月初五日，嘉庆帝命有司审讯串通侵帑的直隶官员，分别治罪不等。从嘉庆元年起，到嘉庆十一年止，司书王丽南等私雕假印，舞弊营私。地丁耗羡杂款项下俱有虚收、虚抵、重领、冒支等弊，计有二十四州县，共侵盗银三十一万六百余两。此内竟有与州县讲明每虚收、重抵、冒支银一万两，给与司书及说事人使费银二三千两不等。各州县实省解银六七千两。经有关人员逐细研鞫，按州核稽，究出串通知情的州县张麟书等十一员。对现任者经过提审，均认通同舞弊属实。对此，嘉庆帝实感骇异。他说：这是我朝未有之事。从前外省不肖官吏作奸犯科，如甘肃捏灾冒赈之案，最为重大，不过也只是借办赈为名，虚报侵肥，从没有身任州县，与胥吏等勾连一气，公然将正项钱粮，私雕假印，挖改公文，虚捏报解，抵冒分肥，至三十余万两之多。若似此朋比为奸，将各直省应征钱粮，奸胥劣员得以任意乾没，纲纪何在？亟应彻底讯究，加等严行惩办。结果，直隶总督颜检革去顶带，押送来京，听候部议，后发往乌鲁木齐效力；山西巡抚同兴也开缺来京，听候部议；昌平州知州戴书培革职锁拿来京；其他州县各官也都降革不等。后来，清政府决定，侵银万两以上者斩首，万两以下者遣戍黑龙江。

嘉庆十一年（1806）二月，蔡牵与清军在鹿耳门经过激战，顺利退往闽浙海面。嘉庆十年，蔡牵船队在闽浙海上屡遭挫败，飘泊无所依托，决定攻取台湾，建立据点。他率海上义师至台攻入凤山（今台湾高雄），在海面沉舟鹿耳门，阻隔内地兵船；在陆路则联络洪四志义军，围攻台湾府城。清政府调广州将军赛冲阿为钦差大臣，率兵赴台督办军务，后授为福州将军；又增派德楞泰为钦差大臣，护军统领扎克塔尔、温春以及提督薛大烈等驰赴福建军前。嘉庆帝还谕示江西巡抚温承惠督粮运军需，以接济水师提督李长庚军。李长庚率领浙江水师三千人渡海，至鹿耳门，因海口为沉船堵塞，不能通过，便进入汕大港。蔡牵分兵与李长庚作战，遂未能攻下府城。不久，金门总兵许松年、澎湖副将王得禄等也率部队乘船来攻。蔡牵与清军展开激烈决战，战船被焚毁三十余艘，不得已夺占洲仔尾。蔡牵将大船驶进口门迎艇。李长庚出北汕，许松年出南汕，合击蔡牵船队。蔡牵不敌，又损失战船二十四艘，后退至鹿耳门。李长庚等率领清军水师包围了鹿耳门。蔡牵船队因沉舟塞住鹿耳门口不能驶出，形势十分危急。不料两后，海潮聚涨，沉舟漂起，蔡牵乘机装换蓬索、火药，率兵乘船，在初七日那天夺门出海，顺利撤退到闽浙海面。此后，蔡牵义军便在闽浙海面与清军水师周旋。嘉庆帝闻讯十分气恼，下令以阿林保为闽浙总督，代替玉德，并夺李长庚花翎、顶带。

嘉庆十一年（1806）六月，陕西宁陕镇驻兵因清政府减发饷银而哗变。原来，川楚陕白莲教起义平息后，原各随营乡勇、挑补各地所增设兵额，名为新兵。陕西增新兵六千余人，驻守秦岭腹宁地宁陕地区。这里地险粮贵，按规定在每月饷银外加发米盐银五钱。当时布政使朱勋以未奉部文为口实，停发银钱，致使新兵哗变。陕西提督杨遇春正奉命进京，宁陕总兵杨芳调署提督，副将杨之震未加请求，擅自决定鞭笞哗变者。于是，哗变新兵在陈达顺、陈先伦等人率领下，杀副将，劫库狱，相继攻陷陕西洋县、城固、宁羌等地，有众万人。七月十六日，嘉庆帝闻报后，命德楞泰、杨遇春、杨芳等率军往剿。变兵攻雲阝县，杨芳赴援，被变兵打得大败而逃，杨芳本人臂部受重任。接着，杨遇春督率大军与变兵大战于方柴关，清军又被打得大败。宁陕变兵都是二杨的旧部，在武力不能奏效的情况下，杨芳和杨遇春决定采取招降办法。他们先沟通了变兵中的蒲大芳，随后杨芳单骑进入新兵营。蒲大芳诱杀了陈达顺、陈先伦等人后，交械投降。十月，德楞泰以“现存二百二十四名，准备遴选将弁，分投管带，暂归原营，约束操防”上奏嘉庆帝。嘉庆帝原要把哗变新兵斩尽杀绝，闻报后十分恼怒，命罢德楞泰领侍卫内大臣职，将陕甘总督倭什布发乌鲁木齐效力，杨遇春降为总兵，杨芳遣戍伊犁，蒲大芳等二百人到新疆塔尔巴哈台戍守。不久，杨遇春、杨芬分别复官、释回，而蒲大芳等则全部斩首枭示。

嘉庆十二年（1807），英国传教士马礼逊来到广州。马礼逊是受伦敦布道会派遣，基督教新教来华传教的第一人。当时，清朝政府禁止外人传教，因此，他不得不依托于英国殖民机构，从1809年起在东印度公司任职二十五年，并先后任英国特使阿美士德及驻华贸易监督律劳卑的秘书和译员。他多次建议英国政府在中国自设法庭，以取得治外法权。马礼逊对汉语文造诣很深，是著名的汉学家，编著有《汉语语法》、《华英字典》、《广东省土话字汇》等书，还将《圣经》译成了汉语。他是英国皇家学会会员，后死在广州，葬于澳门。

嘉庆十二年（1807）十二月二十四日，蔡牵领导的海上渔民在与清军水师激战中，击毙清朝浙江提督李长庚。蔡牵经过鹿耳门激战返回闽浙海面后，由于得到沿海百姓的支持，船只增加，粮药充足。与此同时，清政府也进一步部署了剿灭海上义军的计划，实行坚壁清野，并拨巨款赶造大船。这样，在几次与清军的遭遇战中，蔡牵均告失利，处境又日益困难。十二月二十四日这一天，李长庚偕同福建水师提督张见陞统兵尾追蔡牵船队，穷追不舍，把蔡牵义军追逼到黑水外洋。当时，蔡牵部只剩大船三艘，小船十余艘，指挥船的舷篷也被打破。就是在这种极为不利的条件下，蔡牵仍然率领水上义军英勇斗争。李长庚情况与此不同，他是福建同安人，乾隆年间的武进士，一方面武艺高强，一方面熟悉沿海情况，因此见蔡牵军狼狈情况，以为胜券稳操，流露出趾高气扬神气。李长庚贪功心切，在追击蔡牵军过程中，把自己的霆船挂住蔡牵船的后艄，准备跃登活捉蔡牵，不料李长庚船比蔡牵船低五六尺。就在李长庚即将登跃的时候，蔡牵镇定指挥，命令小卒从艄尾发炮。结果，飞出的炮弹正好打中李长庚咽喉、额角，李长庚立刻倒在血泊中。清军指挥船失去统帅，顿时混乱；张见陞又昏庸懦怯，见李长庚死，恐惧万状，下令闽水师迅速撤离，退出了战斗。于是，蔡牵领导的义军船队幸免了被歼的命运，但因实力损失太大，也退到安南海面休整。

嘉庆十二年（1807）正月，四川达州（今达县）和陕西汉中西乡清军相继发生兵变。清军达州营守备王国雄，平时待兵一味苛虐。上年冬季，应发冬、春二季饷银，但是，王国雄扣留不发，勒令先买马匹。对此，兵士们非常愤慨，他们在王得先、孔传世、刘金定等人领导下，发生哗变，攻打监狱，释放囚犯，焚烧兵营，夺取饷银，杀死知县，占领达州城，一时间声势十分浩大。达州兵变发生后，王国雄惊惶失措，带领随从逃出城外，躲避两日不敢动弹。恰值四川总督勒保在陕西办理完宁陕新兵哗变事宜，闻信后立即返回四川查办。他饬令桂涵、罗思举等统兵将领就近向哗变士兵进攻。在激烈的冲突中，清军署游击塞普征额身受棍伤，提督丰绅、总兵田朝贵、游击涂陞等也都受伤轻重不等。由于力量悬殊过大，达州兵变最终还是被镇压下去了。王得先、孔传世、刘金定死难，哗变士兵伤亡不计其数。清政府对镇压兵变的清军有功人员给予奖励，失职者给予惩罚。赏副将桂涵总兵衔，擢马兵罗贵为千总，均赏巴图鲁名号；赏知州余永宁、花翎外委刘继先等蓝翎，道员严士鋐亦给予升迁。王国雄则立即正法，以昭炯戒。此后不久，陕西汉中西乡营士兵在周士贵等人领导下亦举行兵变。清政府西安将军德楞泰立即率兵截剿，周士贵及哗变士兵多人战死。清军对有功人员变给予奖励，赏副将罗思举总兵衔，祝廷彪等人巴图鲁名号。

嘉庆十三年（1808）九月二十九日，嘉庆帝批准户部议覆盛京将军富俊等奏《严禁流民出口私垦章程》，具体内容是：嗣后民人出山海关至奉天属各处，由原籍起关照一张，填注姓名及前往处所，到关验明放行；仍在原籍起随身护票一张，填注所往地方，交官备查。如出山海关至威远堡法库边门外，则由原籍起关照二张，一照山海关存留，一照边门存留。此外，守口员弁要实力巡查，并出示晓谕各处无业贫民，不得偷越出口私垦，致干例禁。