嘉庆十三年（1808），英国侵入澳门炮台。七月二十一日，英国商船带兵驶进广东香山鸡颈洋面。八月初二日，英国三百人公然登岸，在澳门三巴寺、龙嵩庙内居住，还分别占据了东西炮台。他们散布说：恐怕在澳门的西洋人，被法兰西欺阻贸易，所以派兵船前来保护。二十三日，英军又驾坐舢板艇驶进虎门，至省城外十三行方才停住，要求在澳门居住。清朝两广总督吴熊光命令他们返回黄浦候旨。嘉庆皇帝得报后，谕示吴熊光要对英军严加诘责，并命令他们驶出。英军迟迟不动，直到十月间才开始撤离。后来，嘉庆帝以吴熊光在英军侵占澳门时表现怯懦，罢免其总督职务，不久又遣戍伊犁；广东巡抚孙玉庭也因此被革职。嘉庆十四年二月二十六日，嘉庆帝就韩崶奏《查阅澳门夷民安堵并酌筹控制事宜》一折，在谕示军机大臣时，又涉及到嘉庆十三年英军侵略澳门炮台问题。嘉庆帝说：澳门地面，西洋人旧设炮台六座，自伽思兰炮台至西望洋炮台迤南沿海一带，本有石坎，因形势抵矮，上年英吉利夷兵即由此爬越登岸。这里应当加筑女墙一道，增高四五尺，长二百余丈，以资防护。

嘉庆十四年（1809），蔡牵等领导的海上义师处境日益困难，在和清军斗争中，虽然有时也获得胜利，但是最后还是完全失败了。这一年二月，粤、闽海上义师首领朱濆，与清朝总兵许松年在海上展开激战。朱濆自起兵以来，多次打败清朝水师。他的船队有五千斤大炮、二千斤大炮、一千斤大炮多尊，曾攻打台湾鹿港、淡水、噶玛兰、苏澳等处。不料这次和许松年对阵，朱濆却处于劣势。战斗刚进行不久，朱濆就被炮弹击毙，余众四散溃逃。八月，蔡牵部又和清军在海上展开激战。清政府自李长庚战死以后，就命其裨将王得禄任福建提督，邱良功为浙江提督，联合起来进攻蔡牵。开始，蔡牵联合朱濆游弋于浙、闽、粤海面，后来，清朝浙江巡抚阮元设反间计，挑拨朱濆和蔡牵的关系，朱濆单独出走，为清军所败，蔡牵势力更加孤弱。当时蔡牵有战船三十余艘，因得不到铅丸，只好以番银作炮子。十七日，蔡牵航至定海舟山外黑水洋，王得禄与邱良功率闽浙两省船队，全力专攻蔡牵座船。蔡牵倾力还击，与邱良功座船两篷相结。蔡牵以碇击邱良功船，并以矛伤其左骽，邱良功身体受伤，战船毁坏，失败逃跑。王得禄船队乘势前来。蔡牵以银刃击伤了王得禄的前额和手腕，王得禄在疼痛之余，命令兵士投掷火斗、火罐，烧毁了蔡牵的船舵和尾楼。蔡牵见寡不敌众，便举炮自裂座船，沉海而死。十一月二十八日，朱濆弟朱渥率众三千三百余人投降清军，交出船四十二只，炮八百余门。十二月二十八日，郭婆带领粤洋众五千余人投降清军，交出船九十余只，炮四百余门。自朱濆、蔡牵战死，朱渥、郭婆降后，广东海面还有张保仔、香山二等领导的数万义军，往来海上。由于清政府堵塞高州、雷州各港，断绝生资与接济，又改粤粮水运为陆运，将硝矿各厂由商办改为官办，以及团练乡勇等，使张保仔等海上义军不能登岸，粮食、弹药来源断绝，于是，嘉庆十五年三月，张保仔等人投降了清军，交出船只二百七十八只。不久，蔡牵余部陈赞等也投降了清军。这样，浙、闽、粤三省海疆基本平息。

嘉庆十四年（1809）五月十九日，清政府制定《民夷交易章程》，付诸实行，主要内容有：各国护货兵船，俱不许驶入内港；夷商销货，要依限回国，洋商要早清夷欠。澳内西洋人不准再行添屋；民人眷口，也不准再有增添。引水船户，给照销照，俱责成澳门同知办理。夷商买办，要选择殷实可靠人，始准承充。洋货到粤后，由该国自行投行，公平交易。

嘉庆十五年（1810）二月二十八日嘉庆帝命江、浙两省承招商船，试办海运。由于河工敝坏，运道节梗，漕运阻滞，仓储渐空，嘉庆帝才有此谕。不料清政府内许多官员认为海运实属不可行，特别是两江总督勒保，竟举出十二条理由反对试办海运。他说：元至元十九年至明永乐十三年虽行海运，而漕运仍不废，今若海运与河运并行，则漕运官弁不减，徒增海运之费；江南至天津海道，沙礁丛杂，天庾正供非可试于不测之地；开凿山东胶莱运道，工力难施；海运若由旗丁领运则旗丁不习海洋，如责成船户收兑则船户偷盗私卖、捏报沉失、甚至有通盗济匪等弊；海行迟速平险，均非人力可施；海运需筹经费，而今物力昂贵，费用过干浩大；海运需用船一千七八百号，即需银一千七八百万两；雇用商船，难于实现；查元、明海运，每年必有粮米漂失，今生齿日繁，土地所产粮食，不够百姓食用，怎能再有漂失数目；海运需要添设水师防护，士兵要增加三四万名，这部分军，难以供应；京师地区百货去集，都由粮船携带，如果改由海运，就不能使装米船多带货物，致使京城物价，必定昂贵，势必影响百姓生计；如果改为海运，常年运漕八九万人，一旦失业，难保不流为盗匪，势必影响社会秩序的安定。嘉庆十六年三月十一日，嘉庆帝谕示：河漕二务，其弊相乘，其利也相因。漕运由内河行走，已有数百年，只有谨守前人成法，将河道尽心修治，河流顺轨，漕运才能按期遄达，保证无事。即使万一河湖水位高低不齐，漕船不能畅行，也只有起剥盘坝，或酌量截留。为暂时权宜之计，断不可轻议更张，这就是利不百不变法，经过上述讨论，清政府决定海运暂停试办。

嘉庆十五年（1810）三月，清政府官员发现京师有人藏匿鸦片，遂开始查禁。先是大臣庆桂等人上奏，京师广宁门（今广安门）巡役查获民人杨姓身藏六盒鸦片烟，请交刑部审办。初二日，嘉庆帝谕示内阁：鸦片烟性最为酷烈，食此者能骤长精神，恣其所欲，时间长久便会危害人的生命，是败坏社会风俗的最大祸害，早就应当在查禁之例。该犯杨姓胆敢携带进城，实属藐视法律，著即交刑部严审办理。最近听说京师购食鸦片烟的人很多，奸商牟利贩卖，接踵而来。崇文门专理税务，仅在所属口岸地方稽察，恐怕难以周到。仍著步军统领、五城御史在各门禁严密查访，一有缉获，即当按律惩治，并将其烟物毁弃。至于闽、粤生产的地方，也要严令该地督、抚、关差查禁，断其来源。不得把这一切当成空文，任贩卖，吸食者们偷运鸦片。

嘉庆十五年（1810）八月三十日，两广总督百龄上奏《筹议分船巡辑洋面章程》折。为此，嘉庆帝晓谕军机大臣：广东洋面，绵亘数千里，近年来“盗贼”猖獗。自百龄到任以后，严杜接济，大振兵威，将各路著名首伙“大盗”分别剿抚，一律荡除。此次又筹议善后章程，分布各路师船，责成巡辑，所办实为周妥。此时洋面肃清，已无大股“盗匪”，但非常劫夺“小盗”，尚难保其必无，若不随时捕获，则日久啸聚，恐又萌蘖滋事。各镇将务必在所管洋面认真巡逻，以期有盗必获。朕听弁兵等积习相仍，往往于真盗不能捕获，反将海滨无业贫民如渔船昼户人等，妄拿报官塞责邀赏，以致诛及无辜。从前伍拉纳在闽浙总督任内，任性妄为，即有这种事情，实在可恨。现在粤洋“巨盗”收捕一空，海疆宁谧，但恐弁兵人等答习未除，或妄拿滋事，特此训谕该督抚等，一定要随时密查，对于捕获案犯，必须详细审查，务必判罚得当。如果有妄拿邀功的人，立即严参办理，绝对不能姑息，也不能任他们藉口因循，塞责了事。至于所议的派员分设巡哨，挑用船只以及酌给捕盗口粮等项章程，均照该督所请办理。于是，清廷决定添设广东水师提督一员，驻扎虎门。改左翼镇总兵官为阳江镇水师总兵官，移驻阳江。

嘉庆十五年（1810）四月十七日，清政府把热河副都统改为都统，都统衙门设随同办事理藩院司员、刑部司员、理刑笔帖式、印房笔帖式、主事若干员，办理所属事务。热河，以温泉得名，又名承德，是介于清朝京师和爱新觉罗家族发祥地之间的重要地区。这里，既管辖木兰围场，清前期帝王曾在此举行秋狝大典，又是清代行宫遍布之处，著名的避暑山庄就在磬锤峰下，热河之畔。热河全境旧设五厅，即热河厅、喀喇河屯厅、四旗厅、八沟厅、塔子沟厅，后又增设乌兰哈达厅、三座塔厅。后来，热河厅改为承德府，喀喇河屯厅改为滦平县，四旗厅改为丰宁县，八沟厅改为平泉州，乌兰哈达厅改为赤峰县，塔子沟厅改为建昌县，三座塔厅改为朝阳县。清政府最初在热河设总管、副总管，后来又改设副都统，下设协领、佐领、防御、骁骑交、笔帖式等员，以及士兵二千名。热河都统设立后，所管辖的范围，主要是热河各处驻防官兵，卓索图和昭尔乌达两盟军务，热河所属各驿站，以及八沟、塔子沟、三座塔、乌兰哈达理事司员等。热河都统的设置，反映了清朝对漠南蒙古各部统治的加强，也反映了清朝多民族统一国家的巩固和发展，以及漠南蒙古各部在清政府的统一管辖下，和中央政权关系的日益密切。

嘉庆十六年（1811），清政府组织人力开始编纂嘉庆朝《大清一统志》。《大清一统志》是清代全国性的地方总志。清代修《一统志》有三次：第一次修于康熙二十五年（1686），成于乾隆八年（1743），三百四十二卷；第二次修于乾隆二十九年，成于乾隆四十九年，四百二十四卷；第三次修于嘉庆十六年，成于道光二十二年（1842），五百六十卷。因三修始于嘉庆年间，其增辑内容又止于嘉庆二十五年（1820），所以又名《嘉庆重修一统志》。《嘉庆重修一统志》是清朝三部一统志中最完备的一部，记载嘉庆以前清朝疆域政区善，首为京师，下分直隶、盛京、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、广东、广西、云南、贵州、新疆、乌里雅苏台、蒙古，以及青海、西藏等地区。每一地区先列地图、建置沿革表；继以总叙，概述每一地区基本情况；再以府、直隶厅、州分卷，下列疆域、分野、建置沿革、形势、风俗、城池、学校、户口、田赋、税课、职官、山川、古迹、关隘、津梁、堤堰、陵墓、祠庙、寺观、名宦、人物、流寓、列女、仙释、土产二十五目。《嘉庆重修一统志》事博文约，门类细致，考证精详，是研究清代历史地理的重要资料。

嘉庆十六年（1811）七月十四日，管理西洋堂事务大臣福庆上奏嘉庆帝，谈及西洋人贺清泰、吉德明已年老多病，毕学源尚能通晓算法，此三人请令留京；高临渊、颜时莫、王雅各伯、德天赐四人，学业未精，留京无用，应遣令归国。嘉庆帝闻奏后谕示内阁，贺清泰、吉德明、毕学源三人准其留京，饬令在西洋堂安静居住。高临渊等四人，交步军统领衙门，在他们起程时，派参将、游击二员，酌带兵丁数名，伴送至良乡县。直隶总督再于文职同知通判内、武职都司游击内，拣派妥员，带同兵役接替伴送出境。山东以下经过各省，均照直隶一体派员接替，到广州后，交两广总督松筠收管，等到有方便船只，饬令他们附载归国。沿途所过地方，以及在广东居住期间，均不许他们与内地民人交接往来。十六日，清政府明令严禁西洋人潜住内地。嘉庆帝谕示内阁说：西洋人住居京师，原因他们熟习算法，可以推步天文，备钦天监职官先用。现在京的西洋人共十一名，除福天高、李振洪、高守谦三人，现任钦天监监正监副，南弥德在内阁充当翻译差使，毕学源通晓算法，留备叙补，贺清泰、吉德明二人均年老多病，不能归国，此外，学艺未精的高临渊等四人，已饬令归国，现在留京的西洋人只有七人。这七人中，有官职差使的，出入往来都有在官人役，随地稽查，不能与旗民人等私相交接；年老多病的，不过听其终老，不准擅出西洋堂，外人也不准擅入。管理大臣，及官员弁兵，巡逻严密，不至发生传教惑众等事。至于外省地方，本无需用西洋人地方，也就不应有西洋人在境潜住。从前外省拿获习教人犯，总说传播始于京师，今京师已按名稽核，彻底清查，若外省再有传习此教的，必定另有西洋人在那里煽惑，地方匪徒私自容留，不可不加以严禁。除广东省向西洋人来往贸易，其居住处应留心管束，不得任其私行传教，有不遵禁令者，即按例惩治外，其余各直省，各督抚都要饬属通行详查。如现有西洋人在境，以及续有西洋人潜来的，均令地方官即行查拿具报，一面奏闻，一面递交广东遣令归国。如地方官查办不力，致令传教惑众，照新定条例，严参重处。若内地民人私习其教，又影射传惑的，地方官一律查拿，按律治罪。

嘉庆十六年（1811）六月十二日，嘉庆帝训谕八旗，主要内容是：八旗子弟，国家世仆，百有余年，英才辈出，不可胜纪。但是，由于生齿日众，其间也有失于教训的子弟，又遇见一些不肯为国家作养人才、只知道食禄保位的都统、副都统，再加上作奸犯科，开局哄骗的不良百姓，所以一些八子弟逐渐趋于下流，甘为卑污，如蛾投火，不知改悔。这些人只图片时逸乐，不考虑一世身家，实在是很可怜的。奸匪棍徒多方引诱，最可恨的就是聚赌。那些开局的恶棍，用意只在敛钱，一些八旗子弟受愚弄，昏迷不觉，实在可哀。好赌的人有五大弊害：食禄国家，不知节俭，妄希图泽，终至困穷，是一大弊害；上不能供父母甘旨，下不能顾妻子饥寒，是二大弊害；一入赌局，有败无胜，典卖物品既穷，偷窃之心顿起，是四大弊害；偶为鼠窃，未犯国法，胆益放恣，最后导致身败名裂，是五大弊害。这五种弊害，贤都必不犯，不肖者必不改。特书此数语，诞告八旗，务令家喻户晓。嘉庆帝还说：八旗都统、副都统七十余员，何忍视国家有用之子弟，半为无用之匪徒，为什么不对他们加意训导呢？诸臣中能尽一分心力，国家受一分之福。如果一些八旗子弟能翻然改悔，日引月长，恢复旧习，成为良才，这实在是国家的福份；如果诸臣无一人尽心心力，八旗子弟无一人翻然改悔，这是国家的大不幸。