顺治二年（1645）六月二十四日，清江阴知县方亨到任，限军民三日内剃发，否则格杀毋论，引起了全城军民的公愤。闰六月初一日，城北人民首先举起义旗，立刻得到成千上万人的齐声响应。他们振臂高呼：“头可断，发决不可薙！”杀死方亨，举主薄陈明遇为首领，发动抗清斗争。面对潮水般涌来的清军，陈明遇又推荐有军事组织才能的前任典史闫应元统率军务，全权指挥守城。在闫、陈的指挥下，城乡十余万军民，团结一致，修缮城池，筹备军粮、火器和弹药。在八十天的战斗中，江阴人民不仅拒绝了降清的南明将领刘良佐的多次诱降，还打败了清军无数次的猖狂进攻，使众多的清兵战慄无人色，“无不以生归为祝”，清廷三个王爷、十八员战将被打死。清军在江阴军民的顽强抵抗下，始终攻不破城池。最后，调集大炮，疯狂地向城池连续轰击，八月二十一日，终于攻破江阴城。闫应元、陈明遇和十余万军民在街巷中同清军肉搏，最后壮烈牺牲。

顺治二年（1645）四月二十四日，清廷明令各省“俱除匠籍为民”，免征“京班匠价”。官府手工业及官府需用的匠役，均改为雇募制，实行计工给值。这就使手工业者从世袭的匠籍制下解放出来，获得比较自由的身份地位，从而提高了手工业者的劳动积极性，促进了清初手工业的发展。

顺治二年（1645）七月，御史吴达首劾大学士冯铨，拉开了汉官交章弹劾冯铨的序幕。冯铨，字振鹭，又字伯衡，号鹿庵，顺天涿州（今河北省涿州市）人。明万历时期，他官至查禁院检讨，天启时投靠阉党魏忠贤，成为其党羽中的头面人物。清初，冯铨受到摄政王多尔衮的恩宠和重用，因而也就引起了一些反对阉党的汉官不满。御史吴达在弹劾书中含沙射影地称冯铨是“贪墨败类”，应予废黜。一个月后，弹劾冯铨事进一步扩大。给事中许作梅等三人、御史王守履等六人，交章弹劾冯铨系魏忠贤党羽，仕清后揽权纳贿，应将其斩首。御史李森先言词最为激烈。他一方面把明亡之因与冯铨的历史紧密相连，另一方面又指出了刑部对冯铨之罪不敢问的原因，并表示对此类奸相误国深感忧虑，要多尔衮立彰大法，戮冯铨于市，颁告其罪于天下。显然，此次弹劾大有明末党争再现之势。多尔衮对此极为重视，亲自于重华殿审理。当时刑部大臣启奏汉官所劾不实，俱应反坐。当多尔衮面质时，冯铨仰仗多尔衮恩宠，逐条反驳。多尔衮也认为冯铨剃发在先，遵法勤职，功不可没，同时他又出于憎恨臣下结党，偏袒冯铨，严厉斥责了各汉官。廷讯结果，汉官所劾诸事“俱无实迹”，“前朝旧事不当追论”。事过几日，弹劾冯铨的各汉官不是被夺官，就是降调。冯铨在这场风波过后，更为多尔衮所宠信。

顺治二年（1645）六月二十五日，摄政王多尔衮下令，改南京为江南省，应天府为江宁府。

顺治二年（1645），随着清军南下，湖广和安徽一些地区的农民军及明宗室、官吏等纷纷起兵抗清。湖广进士周损、王光淑等在蕲水和麻城，建立了蕲黄四十八砦，与安徽英霍山一带的农民军联合起来，以明宗室石城王朱统为最高首领。之后，他们率师东进，与江北打着史可法旗号的义师并肩作战，连克句容、高淳、太平等县，一度进逼南京。顺治七年二月，又率军与清兵激战于潜山、太湖间，兵败后被俘，解往南京处死，这支部队也几乎被消灭。

顺治二年（1645），当清兵南下的风声越来越紧时，宁波知府朱之葵准备剃发降清。消息传到城内六个穷秀才、平时爱议论时局并对地主豪绅们不满的董志宁、王家勤、毛聚奎、华夏和张梦锡（时又称为“六狂生”）的耳朵里，使他们义愤填膺，就想铲除朱之葵，起兵抗清。于是，他们用言语激励城内的一位开明绅士钱肃乐，使其打消了效法刘宗周绝食殉难的念头，积极组织抗清队伍。五月十二日，钱肃乐和“六狂生”在宁波城隍庙的广场上聚集了数千人，大家一致决定保守城池、抗击清兵，并公推钱肃乐为首领，知府朱之葵吓得仓皇溜掉。不久，应钱肃乐之请，定海总兵王之仁来到宁波，即与钱肃乐和“六狂生”议定了划江而守、抗击清兵的计划。

顺治二年（1645）五月十五日，清军占领南京后，下令各省十日内剃发，并宣布违抗者将被视为“逆命之寇”，遭致人民的坚决反对，清廷又以“留头不留发，留发不留头”相威胁，更激起了人民的反对。江阴秀才许用首先在明伦堂上倡言“头可断，发决不可剃也。”在他的鼓动下，江阴北门外人民纷纷“奋袂而起”，许多知识分子也参加到反清斗争的行列，有的自觉帮助军民守城，有的组织义兵，更有的联络李定国、郑成功等抗清队伍，整个江南战场上几乎没有一次战役没有知识分子参加的。

顺治二年（1645）三月，顺治帝宣布提高内三院的权任。他在给内外大小各衙门的谕旨中说：“其有与各部无涉或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏。”同时又提高内三院的地位，与六部同级。另外，又将翰林院合并于内三院，使其名上均加“翰林”二字。如：内国史院改为内翰林国史院，内秘书院改为内翰林秘书院，内弘文院改为内翰林弘文院。三院的大学士、学士等人数也有相应增加。顺治十五年七月，清朝参照明制，改内三院为内阁，大学士改加殿、阁衔，分称中和殿大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士。同时又怕阁权加重会影响皇权，降低了大学士的品级，原来合并于内三院的翰林院仍予恢复。

顺治二年（1645），清廷命令各衙门奏事皆缮写本章，遂定题本、奏本之别；公事用题本，加盖印章；私事用奏本，不加印。

顺治三年（1646）三月初四日，清廷翻译明《洪武宝训》书成，并以顺治帝名义作序，仍刊刻满汉文字，颁布全国，顺治帝在序文中自认清是继承明统治，表示要与天下共遵明朝祖训，显然有收拾汉族地主阶级人心之效用。