崇祉十七年（1644）三月，大顺军会师北京城下。十七日，李自成亲自指挥大军环攻九门。十八日，大顺军将士架飞梯奋力攻城，越墙而入，攻占外城。与此同时，明太监曹化淳献彰义门投降。崇祯帝朱由检听到城破，立即命其三个儿子更衣出逃，逼周皇后自缢，剑砍长女乐安公主手臂，又杀妃嫔数人，然后换上便服，携太监王承恩等数十人，出东华门，企图出逃，没成功，又返回宫内。十九日清晨，李自成军攻破内城。崇祯亲自响钟召集百官，竟无一人响应，崇祯见大势已去，便与太监王承恩入内苑，对缢于煤山（今景山）寿皇亭树下，明朝至此宣告灭亡。

顺治二年（1645），明末清初的著名思想家顾炎武为响应南明弘光政权的征召，撰写了著名的《乙酉四论》。弘光政权建立后，顾炎武由原明昆山知县杨永言举荐，获得了一个兵部司务的官职，于是他就把复明的希望寄托于弘光政权，撰写了《军制论》、《形势论》、《田功论》和《钱法论》，合称“乙酉四论”。在四论中，顾炎武从弘光政权立国南京的实际出发，针对明末在农田、钱法和军制诸方面的积弊，提出了一些解救危难的应急措施。在《军制论》中，他提出了“寓兵于农”之法，强调不能尽驱民为兵，否则民怨沸腾，国事将不忍言矣。在《形势论》中，他主张北守徐、泗，西控荆、襄，南通巴、蜀，进而联天下为一，国势可振。在《田功论》中，他指出当前之急务是召民垦田，发展农业生产，以保证军饷。在《钱法论》中，他指出钱要自上而下、自下而上，流而不穷。这些措施虽然切实可行，但在当时弘光政权内部文官同室操戈，武将拥兵自重，水火不容的形势面前终于成为泡影。

顺治二年（1645），清廷下诏纂修《明史》，以内三院大学士洪承畴、冯铨、范文程、刚林等为总裁官，以学士詹霸、宁完我等为副总裁官，并选取纂修、收掌及满、汉字誊录等官。但是，当时明朝灭亡不久，档案史料散失极多，实录也很不全，明熹宗天启实录就是缺天启四年纪事，天启七年六月及崇祯一朝事迹俱缺。这就给纂修《明史》带来很大困难。为此，大学士刚林在顺治八年二月向清廷提出建议，以重金购求天启、崇祯实录以及邸报、野史、外传等书籍。但由于当时清廷忙于进行统一全国的战争，无暇顾及此事。修史的条件既不成熟，自然也就无成绩可言了。

顺治二年（1645）七月二十四日，清廷准户部奏，于西陲招商市茶，给予勘合，以易“番”马，“酌量价值，两得其平，无失柔远之义”。上年曾定茶马交易条例，每茶一篦重十斤，上马给茶篦十二，中马给九，下马给七。本年起，年差御史辖五茶马司，通接“西番”关隘处所，拨官军巡守，如有私茶出境，即捉拿赴官治罪。

顺治二年（1645）闰六月初七日，南明礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙奉明太祖九世孙、唐王朱聿键监国于福州。二十七日，朱聿键在福州称帝，改福州为天兴府，建元隆武（隆武有光武中兴之义）。封黄道周为吏部尚书兼武英殿大学士；郑芝龙为平虏候，主持军事。这是南京失陷后，南明建立的第二个政权。八月，隆武朝廷君臣议战守，决定把浙闽交界的仙霞岭作为防线，以兵十五万人把守，制止清军南下；招兵买马，编练行伍，准备明春进兵，收复失地，实现中兴。但是，隆武王朝一开始内部纷争十分激烈，郑芝龙一派和黄道周一派互相倾轧，势如水火。尤其是郑芝龙，他之所以拥立隆武帝，是要打着隆武的旗号，政治上扩张势力，经济上保持和扩大自己的巨大财产，并寻机出卖隆武帝，以投降清朝，换取更大的荣华富贵。因此，郑芝龙把持的隆武王朝和弘光小朝廷一样一事不作，一矢不发，拥兵不战。顺治三年八月，郑芝龙按照与降将、清军五省经略洪承畴所订密约，尽撤仙霞岭防线的兵力。八月十七日，清军从容进入福建。隆武帝于二十一日逃到汀州（今长汀县），二十八日被俘获，并被押回福州斩首。隆武王朝至此复灭。

顺治二年（1645）六月初一日，吴江进士吴日生和举人孙兆奎等人，听到清兵南下的消息，聚集一千多人，屯兵在太湖边上的长白荡，准备截击清兵。太湖和洞庭湖上的各路义军也纷起响应，一时声势浩大。他们用白布裹头，被称为“白头军”。接着，吴日生就率领“白头军”攻进吴江县城，杀掉降清的知县朱国佐，还与驻吴淞的明总兵吴志葵取得联系，准备共同收复苏州。但由于吴志葵不积极支援，攻打苏州的战斗失败了。清廷听到吴江失守的消息，连忙调集军队前来围剿。吴日生指挥千余只渔船，半路截击，把清军打得落花流水。清廷不甘失败，再派降将李成栋和松江提督吴胜兆层层围剿，吴日生寡不敌众，泅水潜逃。不久，他又回到长白荡，重新整编军队，制旗铸印，设官分职，阵营为之一新，并从长白荡到淀山湖建立了许多白头军抗清的根据地。次年六月，正当白头军准备攻打嘉善时，吴日生由于误中了清知县刘肃之的诈降计，被捕并解至杭州处死。

顺治二年（1645）六月二十四日，清江阴知县方亨到任，限军民三日内剃发，否则格杀毋论，引起了全城军民的公愤。闰六月初一日，城北人民首先举起义旗，立刻得到成千上万人的齐声响应。他们振臂高呼：“头可断，发决不可薙！”杀死方亨，举主薄陈明遇为首领，发动抗清斗争。面对潮水般涌来的清军，陈明遇又推荐有军事组织才能的前任典史闫应元统率军务，全权指挥守城。在闫、陈的指挥下，城乡十余万军民，团结一致，修缮城池，筹备军粮、火器和弹药。在八十天的战斗中，江阴人民不仅拒绝了降清的南明将领刘良佐的多次诱降，还打败了清军无数次的猖狂进攻，使众多的清兵战慄无人色，“无不以生归为祝”，清廷三个王爷、十八员战将被打死。清军在江阴军民的顽强抵抗下，始终攻不破城池。最后，调集大炮，疯狂地向城池连续轰击，八月二十一日，终于攻破江阴城。闫应元、陈明遇和十余万军民在街巷中同清军肉搏，最后壮烈牺牲。

顺治二年（1645）四月二十四日，清廷明令各省“俱除匠籍为民”，免征“京班匠价”。官府手工业及官府需用的匠役，均改为雇募制，实行计工给值。这就使手工业者从世袭的匠籍制下解放出来，获得比较自由的身份地位，从而提高了手工业者的劳动积极性，促进了清初手工业的发展。

顺治二年（1645）七月，御史吴达首劾大学士冯铨，拉开了汉官交章弹劾冯铨的序幕。冯铨，字振鹭，又字伯衡，号鹿庵，顺天涿州（今河北省涿州市）人。明万历时期，他官至查禁院检讨，天启时投靠阉党魏忠贤，成为其党羽中的头面人物。清初，冯铨受到摄政王多尔衮的恩宠和重用，因而也就引起了一些反对阉党的汉官不满。御史吴达在弹劾书中含沙射影地称冯铨是“贪墨败类”，应予废黜。一个月后，弹劾冯铨事进一步扩大。给事中许作梅等三人、御史王守履等六人，交章弹劾冯铨系魏忠贤党羽，仕清后揽权纳贿，应将其斩首。御史李森先言词最为激烈。他一方面把明亡之因与冯铨的历史紧密相连，另一方面又指出了刑部对冯铨之罪不敢问的原因，并表示对此类奸相误国深感忧虑，要多尔衮立彰大法，戮冯铨于市，颁告其罪于天下。显然，此次弹劾大有明末党争再现之势。多尔衮对此极为重视，亲自于重华殿审理。当时刑部大臣启奏汉官所劾不实，俱应反坐。当多尔衮面质时，冯铨仰仗多尔衮恩宠，逐条反驳。多尔衮也认为冯铨剃发在先，遵法勤职，功不可没，同时他又出于憎恨臣下结党，偏袒冯铨，严厉斥责了各汉官。廷讯结果，汉官所劾诸事“俱无实迹”，“前朝旧事不当追论”。事过几日，弹劾冯铨的各汉官不是被夺官，就是降调。冯铨在这场风波过后，更为多尔衮所宠信。

顺治二年（1645）六月二十五日，摄政王多尔衮下令，改南京为江南省，应天府为江宁府。